نمر

LIGER (الاستدلال المرتبط بالعلاقات التجريبية الجينومية)

تنزيل الرموز السفلية في أكتوبر 2024

تعد LIGER (المثبتة كـ rliger) حزمة قوية لدمج وتحليل مجموعات بيانات متعددة أحادية الخلية. يستخدم LIGER، الذي تم تطويره بواسطة مختبر Macosko وتم صيانته وتوسيعه بشكل نشط بواسطة مختبر Welch، تحليل المصفوفة التكاملي غير السلبي لتحديد كل من العوامل المشتركة والعوامل الخاصة بمجموعة البيانات عبر مجموعات بيانات مختلفة أحادية الخلية.

تعمق أكثر في الأساليب والتحليلات الواردة في ورقتنا الخلوية. قم بالوصول إلى البيانات المستخدمة في تحليلات SN وBNST الخاصة بنا من خلال الدراسة "SCP466" على بوابة الخلية الواحدة.

تطبيقات لايجر

أثبت LIGER أنه مفيد بشكل خاص في مقارنة مجموعات البيانات التجريبية في سياقات بحثية متنوعة، بما في ذلك:

1. تحديد أنواع الخلايا المشتركة عبر تجارب متعددة: يسمح LIGER للباحثين بتحديد أنواع الخلايا الشائعة عبر مجموعات بيانات متعددة، حتى عندما تأتي مجموعات البيانات هذه من ظروف أو منصات تجريبية مختلفة.

2. اكتشاف الاختلافات في تكوين نوع الخلية: يسهل LIGER مقارنة نسب نوع الخلية عبر الظروف المختلفة، مما يمكّن الباحثين من تحديد التغييرات في التركيب الخلوي المدفوعة بعوامل مثل العلاج الدوائي أو مرحلة النمو.

3. تحليل التعبير الجيني الخاص بنوع الخلية: يمكّن LIGER الباحثين من دراسة أنماط التعبير الجيني الخاصة بأنواع الخلايا المختلفة عبر مجموعات بيانات متعددة، مما يوفر نظرة ثاقبة للآليات الجزيئية الكامنة وراء الوظيفة الخلوية والتمايز.

4. دراسة التفاعلات بين الخلايا: يمكن استخدام LIGER لدراسة التفاعلات بين أنواع الخلايا المختلفة عبر مجموعات بيانات متعددة، مما يوفر فهمًا أعمق للاتصالات الخلوية ومسارات الإشارة.

وظيفة لايجر

بمجرد دمج مجموعات بيانات متعددة، يقدم LIGER مجموعة من الوظائف لمزيد من استكشاف البيانات وتحليلها وتصورها. يمكن للمستخدمين:

1. تنفيذ تقليل الأبعاد: توفر LIGER أدوات لتقنيات تقليل الأبعاد مثل تحليل المكونات الرئيسية (PCA) ودمج الجوار العشوائي الموزع (t-SNE) لتصور البيانات المتكاملة وتحديد العلاقات الخلوية الأساسية.

2. الخلايا العنقودية: يسهل LIGER تجميع الخلايا بناءً على أوجه التشابه بينها في ملفات تعريف التعبير الجيني، مما يمكّن الباحثين من تحديد مجموعات الخلايا المتميزة ضمن البيانات المتكاملة.

3. إجراء تحليل التعبير التفاضلي: يسمح LIGER للمستخدمين بتحديد الجينات التي يتم التعبير عنها تفاضليًا بين أنواع الخلايا المختلفة أو الظروف التجريبية، مما يوفر نظرة ثاقبة للآليات الجزيئية الكامنة وراء الاختلافات الخلوية.

4. تصور البيانات المتكاملة: توفر LIGER أدوات تصور متنوعة، مثل الخرائط الحرارية والمخططات المبعثرة، لاستكشاف البيانات المتكاملة وتقديمها بطريقة واضحة وغنية بالمعلومات.

إمكانية التشغيل البيني

تم تصميم LIGER للتكامل بسلاسة مع حزم التحليل أحادية الخلية الشائعة مثل Seurat، مما يسهل سير العمل بسلاسة ويعزز قدرات تحليل البيانات.

نقلا عن لايجر

إذا كنت تستخدم LIGER في بحثك، فيرجى الاستشهاد بمقالتنا وفقًا لذلك:

جوشوا د. ويلش وآخرون، التكامل متعدد الأوميات أحادي الخلية يقارن ويتباين ميزات هوية خلية الدماغ، الخلية، المجلد 177، الإصدار 7، P1873-1887.E17 (2019)، https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006

ليو، J.، جاو، C.، سوديكوف، J. وآخرون. تحديد أنواع الخلايا بشكل مشترك من مجموعات بيانات متعددة أحادية الخلية باستخدام LIGER. نات بروتوك 15، 3632–3662 (2020)، https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

جاو، C.، ليو، J.، كريبيل، AR وآخرون. التكامل التكراري متعدد الخلايا أحادية الخلية باستخدام التعلم عبر الإنترنت. نات للتكنولوجيا الحيوية 39، 1000-1007 (2021)، https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

يقوم Kriebel، AR، Welch، JD UINMF بتنفيذ تكامل الفسيفساء لمجموعات البيانات متعددة الخلايا أحادية الخلية باستخدام تحليل المصفوفة غير السالبة. نات كومون 13، 780 (2022)، https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

ردود الفعل والدعم

لا تتردد في فتح مشكلة في مستودعنا إذا كان لديك أي أسئلة أو تعليقات أو اقتراحات.

الاستخدام

للحصول على أمثلة استخدام تفصيلية وإرشادات إرشادية لحالات استخدام محددة، يرجى الرجوع إلى مقالاتنا أدناه:

[رابط إلى المادة 1]

[رابط إلى المادة 2]

[رابط المادة 3]

LIGER 2.0.0 وما بعده: منذ الإصدار 2.0.0، خضع LIGER لتحديثات مهمة لتعزيز سهولة الاستخدام وقابلية التشغيل البيني مع الحزم الأخرى. تعرف على هذه الميزات الجديدة والمثيرة هنا: [رابط إلى مقدمة الميزات الجديدة]

البرامج التعليمية لـ LIGER 1.0.1: إذا كنت بحاجة إلى الوصول إلى البرامج التعليمية للإصدار السابق من rliger (v1.0.1)، فيرجى زيارة أرشيف GitHub الخاص بنا: [رابط إلى أرشيف GitHub] قم بتنزيل ملفات HTML المقدمة المطلوبة وافتحها في متصفحك.

مجموعات البيانات النموذجية

تتضمن حزمة rliger أنواعًا مختلفة من مجموعات بيانات الألعاب الصغيرة للعروض التوضيحية الأساسية لوظائفها. بعد إرفاق الحزمة في جلسة R، يمكنك تحميلها باستخدام:

`ر

البيانات ("بي بي إم سي")

البيانات ("ببمكبلوت")

البيانات ("بمك")

`

بالإضافة إلى ذلك، نحن نقدم مجموعة منسقة من مجموعات البيانات الواقعية للحصول على عروض توضيحية أكثر شمولاً، تشمل scRNAseq وscATACseq والنسخ المكاني وبيانات مثيلة الحمض النووي. يتم وصف مجموعات البيانات هذه بدقة في المقالات التي تستخدمها.

لا تتردد في استكشاف مجموعات البيانات هذه من خلال الروابط المذكورة أعلاه!

---

يقدم هذا المحتوى نظرة عامة شاملة على LIGER، تشمل تطبيقاته ووظائفه وقابلية التشغيل البيني والاستخدام. قامت Downcodes小编 بإعادة هيكلة النص الأصلي وإعادة كتابته بدقة، مما يضمن الأصالة والوضوح. يؤدي تضمين العناوين والنقاط والروابط إلى تحسين إمكانية قراءة هذه المعلومات وإمكانية التنقل فيها بالنسبة للمستخدمين.