بالإضافة إلى المؤامرات الرئيسية الصريحة المتنوعة في Ark of Destiny، هناك أيضًا بعض المؤامرات المخفية الخاصة التي تتطلب استكشافًا دقيقًا من قبل اللاعبين لاكتشافها. على سبيل المثال، تتطلب الحبكة المخفية لأغنية الأرض طويلة الأمد من اللاعبين العثور على ثلاث مؤامرات خاصة مواقع لإكمال التشغيل.
1. في الجزء الأول من المؤامرة المخفية لأغنية الأرض القديمة، يحتاج اللاعبون إلى القدوم إلى أنقاض المدينة القديمة. الموقع المحدد كما هو موضح في الصورة. يمكن للاعبين العثور على أدلة المؤامرة على الكرسيين الحجريين .
2. لا يزال الجزء الثاني من الحبكة المخفية لأغنية الأرض الطويلة الأمد موجودًا في المدينة القديمة المدمرة، لكن عليك الذهاب إلى المدينة القديمة المدمرة -1f. يمكن للاعبين العثور على أدلة بجوار بعض الأنقاض.
3. الجزء الثالث والأخير من الحبكة المخفية لأغنية الأرض القديمة بعيد نسبيًا في الجزء العلوي من كهف الخطيئة، يمكن للاعبين العثور على أدلة على الجرف بجوار الخريطة.
