ويعمل هاتف iPhone 6 بنظام iOS 8، بينما يعمل هاتف Apple 6s بنظام iOS 9. بالمقارنة مع نظام التشغيل iOS 8، فقد تحسن نظام التشغيل iOS 9 من حيث تحسين الأداء وتحسين الأمان والميزات الجديدة. على سبيل المثال، يقدم نظام التشغيل iOS 9 ميزات جديدة مثل تحسين البحث في الأضواء وتطبيق الأخبار ووضع الطاقة المنخفضة.
ونظرًا لاستخدام شريحة A9 في هاتف Apple 6s، تم تحسين سرعة المعالجة بشكل ملحوظ مقارنةً بشريحة A8 في هاتف Apple 6، مما يجعلها أكثر سلاسة عند تشغيل التطبيقات أو الألعاب الكبيرة. وفي الوقت نفسه، يدعم Apple 6s المزيد من ميزات التطبيقات الحديثة، مثل وظائف اللمس ثلاثية الأبعاد، والتي توفر للمستخدمين طرقًا تفاعلية أكثر وخيارات تشغيل سريعة.
على الرغم من أن الكاميرات الخلفية لكل من iPhone 6 وiPhone 6s تحتوي على 12 مليون بكسل، فقد تمت ترقية Apple 6s من حيث جودة تسجيل الفيديو والأداء في البيئات منخفضة الإضاءة وخوارزميات معالجة الصور. يدعم iPhone 6s تسجيل فيديو بدقة 4K، بينما يقتصر iPhone 6 على تسجيل فيديو بدقة 1080 بكسل. بالإضافة إلى ذلك، تعمل وظيفة الصور الحية في هاتف Apple 6s أيضًا على زيادة متعة الصور وتفاعلها.
على الرغم من ترقية جهاز Apple 6s من حيث الأجهزة، إلا أن سعة بطاريته لم تتم زيادتها بشكل ملحوظ بسبب معالج أكثر قوة وشاشة ذات دقة أعلى. لذلك، في الاستخدام اليومي، قد يكون عمر بطارية Apple 6s أقل قليلاً من عمر بطارية Apple 6. ومع ذلك، يدعم Apple 6s تقنية الشحن الأسرع، والتي يمكن أن تقلل من وقت انتظار الشحن.
كما تم تحسين جهاز Apple 6s من حيث الأمان، مثل إضافة وظيفة التعرف على بصمة الإصبع Touch ID (إذا كان الجهاز مزودًا بهذه الوظيفة). يدعم Apple 6 أيضًا Touch ID، ولكن فيما يتعلق ببعض ميزات الأمان وتقنيات التشفير الأحدث، يتمتع Apple 6s بمزايا معينة.
