nextflow
ersion
Henri E. Bal, Jennifer G. Steiner, Andrew S. Tanenbaum
Nextflow ist ein Workflow-System zur Erstellung skalierbarer, portabler und reproduzierbarer Workflows. Es basiert auf dem Datenfluss-Programmiermodell, das das Schreiben paralleler und verteilter Pipelines erheblich vereinfacht, sodass Sie sich auf den Datenfluss und die Berechnung konzentrieren können. Nextflow kann Workflows auf einer Vielzahl von Ausführungsplattformen bereitstellen, darunter Ihrem lokalen Computer, HPC-Schedulern, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch und Kubernetes. Darüber hinaus unterstützt es viele Möglichkeiten zur Verwaltung Ihrer Softwareabhängigkeiten, darunter Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity und mehr.
Installieren Sie Nextflow mit einem einzigen Befehl:
curl -fsSL https://get.nextflow.io | bash
Es erstellt die ausführbare nextflow Datei im aktuellen Verzeichnis. Sie können es dann in ein Verzeichnis in Ihrem $PATH verschieben, um es von überall aus auszuführen.
Nextflow kann auch von Bioconda aus installiert werden:
conda install -c bioconda nextflow
Die Nextflow-Dokumentation ist für die neuesten Stable- und Edge-Releases verfügbar.
Im Nextflow-Community-Forum oder im Nextflow-Slack können Sie Fragen stellen und Hilfe erhalten. Fehler und Funktionswünsche sollten als GitHub-Probleme gemeldet werden.
Die Nextflow-Community ist sehr aktiv mit regelmäßigen Community-Treffen, Veranstaltungen, einem Podcast und mehr. Sie können einen Großteil dieses Materials auf den YouTube-Kanälen Nextflow und nf-core ansehen.
Das nf-core-Projekt ist eine Gemeinschaftsinitiative, die hochwertige Nextflow-Workflows zusammenfasst, die von jedem genutzt werden können.
Beiträge sind mehr als willkommen. Einzelheiten finden Sie in der Datei CONTRIBUTING.
Nextflow wird unter der Apache 2.0-Lizenz veröffentlicht. Nextflow ist eine eingetragene Marke.
Wenn Sie Nextflow in Ihrer Arbeit verwenden, geben Sie bitte Folgendes an:
P. Di Tommaso et al. Nextflow ermöglicht reproduzierbare Rechenabläufe. Nature Biotechnology 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow basiert auf zwei *großartigen* Open-Source-Softwareprojekten, Groovy und GPars.
YourKit unterstützt Nextflow freundlicherweise mit seinem voll ausgestatteten Java Profiler.
