Sirius
SIRIUS
Unsere Methoden werden der wissenschaftlichen Gemeinschaft als frei verfügbare Ressourcen angeboten. Die (Weiter-)Verbreitung der Methoden im Ganzen oder in Teilen zu kommerziellen Zwecken ist untersagt. Die von der Böcker-Gruppe gehosteten SIRIUS-Webdienste (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist und andere) sind ausschließlich für akademische Forschungs- und Bildungszwecke bestimmt. Weitere Informationen finden Sie in den Nutzungsbedingungen der akademischen Version. Für nicht-akademische Nutzer stellt die Bright Giant GmbH Lizenzen und alle damit verbundenen Dienstleistungen zur Verfügung. Wir bitten die Benutzer unserer Tools, in allen resultierenden Veröffentlichungen die entsprechenden Artikel zu zitieren.
SIRIUS ist ein Java-basiertes Software-Framework für die Analyse von LC-MS/MS-Daten von Metaboliten und anderen „kleinen Molekülen von biologischem Interesse“. SIRIUS integriert eine Sammlung unserer Tools, darunter CSI:FingerID (mit COSMIC), ZODIAC, CANOPUS. Insbesondere integrieren sowohl die grafische Benutzeroberfläche als auch die Befehlszeilenversion von SIRIUS nahtlos die Webdienste CSI:FingerID, CANOPUS und MSNovelist.
Hauptentwickler von SIRIUS sind die Böcker-Gruppe und die Bright Giant GmbH
Online-Dokumentation
Video-Tutorials
Buchkapitel zur Verwendung von SIRIUS 4 (Preprint) – behandelt nicht die neue LC-MS/MS-Verarbeitungsoption
Demodaten
Logos für Veröffentlichungen und Präsentationen
für Windows (64bit): msi/zip
für Mac (64bit): pkg / zip
für Linux (64bit): zip
Alle (auch frühere) Veröffentlichungen finden Sie hier.
Für Windows und MacOS sollte die Installationsversion von SIRIUS (msi/pkg) bevorzugt werden, erfordert jedoch möglicherweise Administratorrechte.
Da wir Microsoft/Apple nicht für die Zertifizierung bezahlen, müssen Sie bei Verwendung der von der Böcker-Gruppe bereitgestellten Installer unter Umständen bestätigen, dass Sie „Software aus unbekannter Quelle“ unter Windows/MacOS vertrauen möchten. Daher empfehlen wir dringend die Verwendung der signierten Installationsprogramme von Bright Giant (ebenfalls oben verlinkt). Diese Installationsprogramme vereinfachen den Installationsprozess, indem sie keine (oder weniger) Sicherheitsprobleme des jeweiligen Betriebssystems verursachen.
Weitere Informationen finden Sie in der Dokumentation.
Benutzerkonten können direkt über die SIRIUS GUI erstellt werden. Bitte verwenden Sie Ihre institutionelle E-Mail-Adresse . SIRIUS-Webdienste sind für die akademische/nichtkommerzielle Nutzung kostenlos. Normalerweise werden akademische Einrichtungen anhand ihrer E-Mail-Domäne identifiziert und der Zugriff wird automatisch gewährt. In einigen Fällen kann eine weitere Validierung Ihrer akademischen/nichtkommerziellen Qualifikation erforderlich sein. Siehe auch SIRIUS-Dokumentation – Konto und Lizenz.
SIRIUS
SIRIUS-API Java SDK
SIRIUS-API-SDKs
Um Neuigkeiten zu erhalten, Hilfe zu erhalten oder Fragen zu stellen, treten Sie bitte unserer Gitter-Community #sirius-ms:gitter.im bei.
Für Fehlerberichte oder Funktionsanfragen nutzen Sie bitte die Issues auf unserem GitHub. Weitere Informationen zu diesem Thema finden Sie in der Dokumentation.
Fragmentierungsbäume und Spektren können direkt von SIRIUS auf die Webdienste CSI:FingerID, CANOPUS und MSNovelist hochgeladen werden. Die Ergebnisse werden vom Webservice abgerufen und können in der grafischen Benutzeroberfläche von SIRIUS angezeigt werden. Diese Funktionalität steht auch für das SIRIUS-Kommandozeilentool zur Verfügung. Trainingsstrukturen für die Prädiktoren von CSI:FingerID sind über die CSI:FingerID-Web-API verfügbar:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (Trainingsstrukturen für den Positiv-Ionen-Modus)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (Trainingsstrukturen für den Negativ-Ionen-Modus)
Die manuelle Interpretation von Tandem-Massenspektren ist zeitaufwändig und nicht trivial. SIRIUS analysiert das Fragmentierungsmuster und erstellt einen hypothetischen Fragmentierungsbaum, in dem Knoten mit Molekülformeln der Fragmente versehen sind und Bögen (Kanten) Fragmentierungsereignisse (Verluste) darstellen. SIRIUS ermöglicht die automatisierte Hochdurchsatzanalyse von MS-Daten kleiner Verbindungen über die Elementzusammensetzung hinaus, ohne dass Verbindungsstrukturen oder eine Massenspektraldatenbank erforderlich sind.
SIRIUS leitet Molekülformeln kleiner Verbindungen ab, indem es Isotopenmuster aus Massenspektren mit hoher Auflösung einordnet. Nach der Vorverarbeitung ist die Ausgabe eines Massenspektrometers eine Liste von Peaks, die den Massen der Probenmoleküle und ihrer Häufigkeit entspricht. Grundsätzlich können Elementzusammensetzungen kleiner Moleküle nur anhand genauer Massen identifiziert werden. Allerdings werden selbst bei sehr hoher Massengenauigkeit viele Formeln in Bereichen mit höherer Masse erhalten. Mithilfe der hochauflösenden Massenspektrometrie können wir das Isotopenmuster von Probenmolekülen mit herausragender Genauigkeit bestimmen und diese Informationen nutzen, um die Elementzusammensetzung des Probenmoleküls zu identifizieren. SIRIUS kann entweder als grafische Benutzeroberfläche (siehe Sirius GUI) oder als Befehlszeilentool heruntergeladen werden.
Kai Dührkop, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Alexander A. Aksenov, Alexey V. Melnik, Marvin Meusel, Pieter C. Dorrestein, Juho Rousu und Sebastian Böcker. SIRIUS 4: Umwandlung von Tandem-Massenspektren in Informationen über die Struktur von Metaboliten. Nature Methods 16, 299–302, 2019.
Michael A. Stravs und Kai Dührkop, Sebastian Böcker und Nicola Zamboni. MSRomanist: De-novo-Strukturgenerierung aus Massenspektren. Nature Methods 19, 865–870, 2022. (Zitieren, wenn Sie verwenden: MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop und Sebastian Böcker. Hochzuverlässige strukturelle Annotation von Metaboliten, die in Spektralbibliotheken fehlen. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (Zitieren Sie, wenn Sie Folgendes verwenden: CSI:FingerID , COSMIC )
Kai Dührkop, Louis-Félix Nothias, Markus Fleischauer, Raphael Reher, Marcus Ludwig, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, William H. Gerwick, Juho Rousu, Pieter C. Dorrestein und Sebastian Böcker. Systematische Klassifizierung unbekannter Metaboliten anhand hochauflösender Fragmentierungsmassenspektren. Nature Biotechnology , 2020. (Bitte angeben, wenn Sie CANOPUS verwenden)
Yannick Djoumbou Feunang, Roman Eisner, Craig Knox, Leonid Chepelev, Janna Hastings, Gareth Owen, Eoin Fahy, Christoph Steinbeck, Shankar Subramanian, Evan Bolton, Russell Greiner, David S. Wishart. ClassyFire: automatisierte chemische Klassifizierung mit einer umfassenden, berechenbaren Taxonomie. Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016. ( ClassyFire -Publikation; zitieren Sie diese, wenn Sie CANOPUS verwenden)
Marcus Ludwig, Louis-Félix Nothias, Kai Dührkop, Irina Koester, Markus Fleischauer, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, Fernando Vargas, Mustafa Morsy, Lihini Aluwihare, Pieter C. Dorrestein, Sebastian Böcker. Datenbankunabhängige Annotation molekularer Formeln mithilfe von Gibbs-Sampling über ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. (Angeben, wenn Sie ZODIAC verwenden)
Kai Dührkop und Sebastian Böcker. Fragmentierungsbäume neu geladen. Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. (Zitieren Sie dies für die Analyse von Fragmentierungsmustern und die Berechnung von Fragmentierungsbäumen .)
Kai Dührkop, Huibin Shen, Marvin Meusel, Juho Rousu und Sebastian Böcker. Durchsuchen von Molekülstrukturdatenbanken mit Tandem-Massenspektren mit CSI:FingerID. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. (Bei Verwendung von CSI:FingerID bitte zitieren)
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták und Anton Pervukhin. SIRIUS: Zerlegung von Isotopenmustern zur Identifizierung von Metaboliten. Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009. (Zitieren Sie dies für die Analyse von Isotopenmustern )
Shipei Xing, Sam Shen, Banghua Xu, Xiaoxiao Li und Tao Huan. BUDDY: Entdeckung molekularer Formeln mittels Bottom-up-MS/MS-Abfrage. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (Zitieren Sie, wenn Sie verwenden: Bottom-up-Summenformelgenerierung)
Marcus Ludwig, Kai Dührkop und Sebastian und Böcker. Bayesianische Netzwerke zur massenspektrometrischen Metabolitenidentifizierung über molekulare Fingerabdrücke. Bioinformatik , 34(13): i333-i340. 2018. Proc. of Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2018). (Zitieren für CSI:FingerID-Bewertung)
W. Timothy J. White, Stephan Beyer, Kai Dührkop, Markus Chimani und Sebastian Böcker. Schnelle bunte Teilbäume. In Proc. of Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2015) , Band 9198 von Lect Notes Comput Sci , Seiten 310–322. Springer, Berlin, 2015. (Zitieren Sie hier, warum Berechnungen selbst auf einem Laptop-Computer schnell sind .)
Huibin Shen, Kai Dührkop, Sebastian Böcker und Juho Rousu. Metabolitenidentifizierung durch Multiple-Kernel-Lernen an Fragmentierungsbäumen. Bioinformatik , 30(12):i157-i164, 2014. Proc. of Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2014). (Stellt die Maschinerie hinter CSI:FingerID vor )
Imran Rauf, Florian Rasche, François Nicolas und Sebastian Böcker. Finden maximal bunter Teilbäume in der Praxis. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (Weitere, frühere Arbeiten darüber, warum Berechnungen heute schnell sind )
Heinonen, M.; Shen, H.; Zamboni, N.; Rousu, J. Metabolitenidentifizierung und molekulare Fingerabdruckvorhersage durch maschinelles Lernen. Bioinformatik , 2012. Bd. 28, Nr. 18, S. 2333-2341. (Führt die Idee der Vorhersage molekularer Fingerabdrücke aus Tandem-MS-Daten ein)
Florian Rasche, Aleš Svatoš, Ravi Kumar Maddula, Christoph Böttcher und Sebastian Böcker. Berechnung von Fragmentierungsbäumen aus Tandem-Massenspektrometriedaten. Analytische Chemie (2011) 83 (4): 1243–1251. (Zitieren Sie dies für die Einführung von Fragmentierungsbäumen , wie sie von SIRIUS verwendet werden)
Sebastian Böcker und Florian Rasche. Auf dem Weg zur De-novo-Identifizierung von Metaboliten durch Analyse von Tandem-Massenspektren. Bioinformatik (2008) 24 (16): i49-i55. (Der allererste Artikel, der Fragmentierungsbäume erwähnt , wie sie von SIRIUS verwendet werden)
Ab Version 4.4.27 ist SIRIUS unter der GNU Affero General Public License (GPL) lizenziert. Wenn Sie SIRIUS in andere Software integrieren, empfehlen wir Ihnen dringend, die Verwendung von SIRIUS sowie die zu zitierende Literatur für den Benutzer transparent zu machen.
