Diese Arbeit läuft derzeit mit Bereitstellung auf (https://litgene.tumorai.org/).
Bereitstellung Github (https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP) kann für die Selbstbereitstellung der Webseite verwendet werden.
Nutzen Sie die Feedback-Seite auf der LitGene-Tool-Seite oder kontaktieren Sie die Autoren, um Feedback zu geben.
BioArxiv-Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1
Hier erfahren Sie, wie Sie Beispielcode mit Docker ausführen.
Docker erstellen:
A. Gehen Sie nach dem Git-Klon zum Speicherort der Docker-Datei „cd LitGene/dependencies/docker/“
B. Docker erstellen „docker build . -t litgene“
Docker-Image ausführen/Container erstellen:
C. „docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash“
Geben Sie Docker ein:
D. „docker exec -it Litgene /bin/bash“
Gehen Sie im Docker zur Beispielcode-Löslichkeit:
e. „cd /home/tailab/LitGene/“
F. öffne Jupyter „Jupyter Notebook --ports 8888 --ip 0.0.0.0 --allow-root --no-browser“
In dem System, in dem Docker bereitgestellt wird:
G. Browser öffnen „https://localhost:8888“
H. Geben Sie den Token ein
ich. Führen Sie den Beispielcode „solubilityEval.ipynb“ aus.
oder Docker im Remote-System (optional):
G. Öffnen Sie den Befehl auf dem lokalen System
H. Geben Sie „ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server“ ein.
ich. Wiederholen Sie Schritt 5
(Bei Interesse an den in LitGene bereitgestellten Conda-Anforderungen/Abhängigkeiten, getestet unter Ubuntu 22 mit Python 3.12 und NVIDIA-Treiber 535.183.01 und Laufzeit-Cuda 12.2 auf A100-GPU)
Code-Refactoring läuft unter code/refactored_code Für andere Datendateien, Modelle und Ausgabedateien. Bitte kontaktieren Sie [[email protected]]
