Elastix

Willkommen bei elastix: einer Toolbox für die starre und nicht starre Registrierung von Bildern.

elastix ist eine Open-Source-Software, die auf dem bekannten Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK) basiert. Die Software besteht aus einer Sammlung von Algorithmen, die üblicherweise für die (medizinische) Bildregistrierung verwendet werden: die Aufgabe, eine räumliche Transformation zu finden, ein Bild (das feste Bild) einem anderen (das bewegte Bild) zuzuordnen, indem relevante Bildähnlichkeitsmetriken optimiert werden . Der modulare Aufbau von elastix ermöglicht es dem Benutzer, verschiedene Registrierungsmethoden für eine bestimmte Anwendung schnell zu konfigurieren, zu testen und zu vergleichen. Eine Befehlszeilenschnittstelle ermöglicht die automatisierte Verarbeitung großer Mengen an Datensätzen mittels Scripting. Heutzutage wird elastix von ITKElastix begleitet, das es in Python (auf Pypi) verfügbar macht, und von SimpleElastix, das es in Sprachen wie C++, Python, Java, R, Ruby, C# und Lua verfügbar macht. Ein Docker-Image des neuesten Elastix-Builds ist ebenfalls auf Dockerhub verfügbar. Für diejenigen, die die Funktionalität von Elastix in einer grafischen Benutzeroberfläche nutzen möchten, gibt es mehrere Plugins, unter anderem ein Napari- und ein 3Dslicer-Plugin.

Autoren

Die Hauptentwickler von elastix sind Stefan Klein und Marius Staring. Diese Software wurde ursprünglich am Image Sciences Institute unter der Leitung von Josien PW Pluim entwickelt. Heute haben viele zu Elastix beigetragen.

Wenn Sie diese Software irgendwo verwenden, würden wir uns freuen, wenn Sie die folgenden Artikel zitieren:

• S. Klein, M. Staring, K. Murphy, MA Viergever, JPW Pluim, „elastix: eine Toolbox für die intensitätsbasierte medizinische Bildregistrierung“, IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 29, nein. 1, S. 196–205, Januar 2010. doi herunterladen
• DP Shamonin, EE Bron, BPF Lelieveldt, M. Smits, S. Klein und M. Staring, „Fast Parallel Image Registration on CPU and GPU for Diagnostic Classification of Alzheimer's Disease“, Frontiers in Neuroinformatics, vol. 7, nein. 50, S. 1-15, Januar 2014. doi herunterladen

Spezifische Bestandteile von Elastix werden von vielen hergestellt; Das entsprechende Zitat finden Sie hier. Darüber hinaus können Sie die Elastix-DOI-Identifikatoren von Zenodo verwenden, um auf bestimmte Software-Releases zu verweisen: https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181

Weitere Informationen

Weitere Informationen, darunter ein ausführliches Handbuch und ein Modellzoo, finden Sie im Wiki

Interaktive Tutorials sind in Jupyter-Notebooks verfügbar.

Für Fragen können Sie sich auch in die Mailingliste eintragen. Informationen zur Mitarbeit bei elastix finden Sie hier.