ArchR
Release_1.0.2
Gepaarte scATAC-seq- und scRNA-seq-Analyse
ArchR unterstützt jetzt die gepaarte scATAC-seq- und scRNA-seq-Analyse!
Siehe Updates mit importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
Eine kurze Anleitung zu diesen Funktionen finden Sie unter: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
Flugbahnanalyse
ArchR unterstützt jetzt direkt sowohl die Monocle3- als auch die Slingshot-basierte Flugbahnanalyse!
Siehe Updates mit getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
Eine kurze Anleitung zu diesen Funktionen finden Sie unter: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
Zusätzlich ermöglicht ArchR jetzt den Export einer Peak-Matrix, die mit STREAM kompatibel ist!
Siehe Updates mit exportPeakMatrixForSTREAM
ArchR ist ein R-Paket mit vollem Funktionsumfang zur Verarbeitung und Analyse von Einzelzellen-ATAC-seq-Daten. ArchR bietet die umfangreichste Suite an scATAC-seq-Analysetools aller verfügbaren Software. Darüber hinaus zeichnet sich ArchR sowohl durch Geschwindigkeit als auch durch Ressourcennutzung aus und ermöglicht die Analyse von 1 Million Zellen in 8 Stunden auf einem MacBook Pro-Laptop.
Eine vollständige Anleitung zur Installation und häufig auftretende Probleme finden Sie unter www.ArchRProject.com.
Installieren Sie zunächst devtools (zur Installation von GitHub-Paketen), falls es noch nicht installiert ist:
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )Installieren Sie dann BiocManager (zur Installation von Bioconductor-Paketen), falls es noch nicht installiert ist:
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )Installieren Sie dann ArchR:
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Installieren Sie abschließend alle ArchR-Abhängigkeiten, die nicht standardmäßig installiert sind:
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()Wenn einer dieser Schritte fehlschlägt, sollten Sie das fehlerhafte Paket identifizieren und Fehler bei der einzelnen Installation beheben, bevor Sie fortfahren. Besuchen Sie außerdem bitte die ArchR-Website (www.ArchRProject.com), wo wir Tipps zur Fehlerbehebung bei der Installation finden.
ArchR befindet sich derzeit in der Beta-Phase . Wir gehen davon aus, dass es Unebenheiten auf der Straße geben wird. Wenn Sie glauben, einen Fehler gefunden zu haben, installieren Sie bitte zunächst die neueste Version von ArchR über
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Wenn Ihr Problem dadurch nicht behoben wird, melden Sie bitte ein Problem auf Github mit dem Bug-Report -Formular.
Wenn Sie Fragen zur ArchR-Nutzung haben, lesen Sie bitte das durchsuchbare vollständige Benutzerhandbuch, den FAQ-Bereich und die Veröffentlichung. Wenn Sie der Meinung sind, dass die Dokumentation auf dieser Website oder in den Funktionsanmerkungen unklar ist, reichen Sie bitte ein Problem auf Github mit dem Dokumentationsanforderungsformular ein. Wenn es eine Funktion gibt, die Ihrer Meinung nach in ArchR fehlt und Sie bereits das Benutzerhandbuch durchsucht haben , reichen Sie mit dem Feature-Request -Formular ein Problem auf Github ein. Wenn keine dieser Optionen hilft, senden Sie uns eine E-Mail. Wir werden unser Bestes tun, um Fragen zu beantworten, die in der Dokumentation nicht anderweitig beantwortet werden.
