Schlank
Version 4.3
SLiM ist ein evolutionäres Simulationsframework, das eine leistungsstarke Engine für populationsgenetische Simulationen mit der Fähigkeit kombiniert, beliebig komplexe Evolutionsszenarien zu modellieren. Simulationen werden über die integrierte Eidos-Skriptsprache konfiguriert, die eine interaktive Steuerung praktisch aller Aspekte der simulierten Szenarien ermöglicht. Die zugrunde liegende individuenbasierte Simulations-Engine ist hochgradig optimiert, um die Modellierung ganzer Chromosomen in großen Populationen zu ermöglichen. Wir bieten außerdem eine grafische Benutzeroberfläche namens SLiMgui für macOS, Linux und Windows für eine einfache Simulationseinrichtung, interaktive Laufzeitsteuerung und dynamische Visualisierung der Simulationsausgabe.
Dieses GitHub-Repository hostet die Upstream-Entwicklungsleiterversion von SLiM und SLiMgui.
Die Release- Version von SLiM und SLiMgui ist unter http://messerlab.org/slim/ verfügbar.
Copyright (c) 2016-2024 Philipp Messer. Alle Rechte vorbehalten.
SLiM ist freie Software: Sie können sie unter den Bedingungen der GNU General Public License, wie von der Free Software Foundation veröffentlicht, entweder Version 3 der Lizenz oder (nach Ihrer Wahl) einer späteren Version weiterverbreiten und/oder ändern.
SLiM wird in der Hoffnung verbreitet, dass es nützlich ist, jedoch OHNE JEGLICHE GARANTIE; ohne die stillschweigende Garantie der MARKTGÄNGIGKEIT oder EIGNUNG FÜR EINEN BESTIMMTEN ZWECK. Weitere Einzelheiten finden Sie in der GNU General Public License.
Sie sollten zusammen mit SLiM eine Kopie der GNU General Public License erhalten haben. Wenn nicht, siehe http://www.gnu.org/licenses/.
SLiM befindet sich in der aktiven Entwicklung und unser Ziel ist es, es so allgemein nutzbar wie möglich zu machen. Wenn Sie Feedback oder Funktionswünsche haben oder daran interessiert sind, zu SLiM beizutragen, wenden Sie sich bitte an Philipp Messer unter [email protected]. Bitte beachten Sie, dass Philipp auch Doktoranden und Postdocs sucht.
Suchen Sie nach Binärpaketen/Installern?
Die folgenden Unterabschnitte fassen zusammen, welche Methoden zum Erwerb von SLiM (und SLiMgui) verfügbar sind. Auch das Erstellen aus Quellen ist auf allen Plattformen eine Option; siehe nächsten Abschnitt. Kapitel 2 des SLiM-Handbuchs enthält viel detailliertere Informationen zur Installation und zum Aufbau von SLiM. Das Handbuch und andere SLiM-Ressourcen finden Sie unter http://messerlab.org/slim/.
Laden Sie das macOS-Installationsprogramm von der SLiM-Homepage unter https://messerlab.org/slim/#Downloads herunter und doppelklicken Sie darauf. Es werden die Befehlszeilentools slim und eidos sowie SLiMgui installiert.
Alle Arch-basierten Distributionen , die AUR unterstützen, sollten kompatibel sein.
https://aur.archlinux.org/packages/slim-simulator/
Für abgeleitete Distributionen ist die Kompatibilität mit diesen Binärpaketen nicht garantiert. Aktivieren Sie das Repository für Ihr Betriebssystem. Sie können auch versuchen, das Quell-RPM-Paket zu verwenden, um das Paket für Ihr System neu zu erstellen, um eine hervorragende Integration für jede RPM-basierte Distribution zu erhalten.
https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/bacarson/SLiM-Selection_on_Linked_Mutations/
Ein Shell-Skript, das die Funktionen von dpkg nutzt, ist verfügbar. Es verwendet das CMake-Installationsziel, um SLiMgui in die Desktop-Umgebung zu integrieren. Es hat gegenüber dem Erstellen aus dem Quellcode den Vorteil, dass es Build-Abhängigkeiten für Sie überprüft und Build-Artefakte automatisch aus /tmp entfernt. Erstellen Sie das Skript mit curl und folgen Sie dabei den Anweisungen im Handbuch.
https://raw.githubusercontent.com/MesserLab/SLiM-Extras/master/installation/DebianUbuntuInstall.sh
Wenn Sie MSYS2 installiert haben, können Sie die Informationen pacman -Syu aktualisieren (weitere Informationen finden Sie im SLiM-Handbuch). Anschließend können Sie SLiM und SLiMgui installieren mit:
pacman -S mingw-w64-x86_64-slim-simulator
Das SLiM-Handbuch enthält detaillierte Anweisungen zum Erstellen und Installieren von SLiM und SLiMgui unter WSL2.
Sie können sowohl SLiM als auch SLiMgui aus Quellen erstellen. Dies kann insbesondere dann nützlich sein, wenn Sie eine aktuelle Entwicklungsversion von SLiM und nicht die letzte veröffentlichte Version ausführen möchten. Weitere Informationen zum Erstellen aus Quellen auf verschiedenen Plattformen finden Sie in Kapitel 2 des SLiM-Handbuchs.
