jcvi

JCVI: Ein vielseitiges Toolkit für die vergleichende Genomanalyse

Sammlung von Python-Bibliotheken zum Parsen von Bioinformatikdateien oder zum Durchführen von Berechnungen im Zusammenhang mit Assemblierung, Annotation und vergleichender Genomik.

Autoren	Haibao Tang (Tanghaibao)
	Vivek Krishnakumar (vivekkrish)
	Xingtan Zhang (tangerzhang)
	Won Cheol Yim (wyim-pgl)
E-Mail	[email protected]
Lizenz	BSD

Wie man zitiert

Tipp

JCVI ist jetzt in iMeta veröffentlicht!

Tang et al. (2024) JCVI: Ein vielseitiges Toolkit für die vergleichende Genomanalyse. iMeta

Inhalt

Die folgenden Module stehen als generische Bioinformatik-Handhabungsmethoden zur Verfügung.

• Algorithmen

  • Linearer Programmierlöser mit SCIP und GLPK.
  • Supermap: Finden Sie einen Satz nicht überlappender Anker in der BLAST- oder NUCMER-Ausgabe.
  • Längste oder am stärksten ansteigende Teilsequenz.
  • Matrixoperationen.

• Apps

  • GenBank unterstützt den Downloader Phytozome, Ensembl und SRA.
  • Berechnen Sie die (nicht)synonyme Substitutionsrate zwischen Genpaaren.
  • Grundlegende phylogenetische Baumkonstruktion mit PHYLIP, PhyML oder RAxML und Visualisierung.
  • Wrapper für BLAST+, LASTZ, LAST, BWA, BOWTIE2, CLC, CDHIT, CAP3 usw.

• Formate

  Unterstützt derzeit .ace Format (phrap, cap3 usw.), .agp (Goldenpath), .bed -Format, .blast -Ausgabe, .btab -Format, .coords -Format ( nucmer -Ausgabe), .fasta -Format, .fastq -Format, .fpc Format, .gff Format, obo -Format (Ontologie), .psl Format (UCSC Blat, GMAP usw.), .posmap Format (Celera-Assembler-Ausgabe), .sam Format (Lesezuordnung), .contig -Format (TIGR-Assembly-Format) , usw.

• Grafik

  • BLAST oder Synteny-Dot-Plot.
  • Histogramm mit R- und ASCII-Kunst.
  • Malen Sie Regionen auf einem Chromosomensatz.
  • Makrosyntenie- und Mikrosynteniediagramme.

• Dienstprogramme

  • Grouper kann als disjunkte Mengendatenstruktur verwendet werden.
  • Bereich enthält allgemeine Bereichsoperationen wie Überlappung und Verkettung.
  • Verschiedene Kochbuchrezepte, Iteratoren, Dekorateure, Tabellenhilfsprogramme.

Dann gibt es Module, die domänenspezifische Methoden enthalten.

• Montage

  • K-mer-Histogrammanalyse.
  • Vorbereitung und Validierung des Kachelpfads für klonbasierte Baugruppen.
  • Gerüstbau durch ALLMAPS, optische Karte und genetische Karte.
  • QC-Verfahren vor und nach der Montage.

• Anmerkung

  • Schulung von Ab-initio- Genprädiktoren.
  • Berechnen Sie Gen-, Exon- und Intronstatistiken.
  • Wrapper für PASA und EVM.
  • Starten Sie mehrere MAKER-Prozesse.

• vergleichen

  • C-Score-basierter BLAST-Filter.
  • Synteny-Scan (de-novo) und abheben (Anker in der Nähe finden).
  • Rekonstruktion des Ahnengenoms mit der Sankoff- und PAR-Methode.
  • Ortholog- und Tandem-Gen-Duplikate-Finder.

Anwendungen

Bitte besuchen Sie Wiki für vollständige Anwendungen.

Abhängigkeiten

Im Folgenden finden Sie eine Liste von Python-Paketen von Drittanbietern, die von einigen Routinen in der Bibliothek verwendet werden. Diese Abhängigkeiten sind nicht zwingend, da sie nur von wenigen Modulen genutzt werden.

• Biopython
• Numpy
• matplotlib

Es gibt hier und da weitere Python-Module in verschiedenen Skripten. Der beste Weg ist, sie über pip install zu installieren, wenn ImportError angezeigt wird.

Installation

Am einfachsten ist die Installation über PyPI:

 pip install jcvi

So installieren Sie die Entwicklungsversion:

 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

Alternativ, wenn Sie manuell installieren möchten:

 cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

Darüber hinaus fragen einige Module möglicherweise nach Speicherorten externer Programme, wenn die Erweiterung nicht in Ihrem PATH gefunden werden kann. Die häufig verwendeten externen Programme sind:

• Kent-Werkzeuge
• BETTWERKZEUGE
• PRÄGEN

Die meisten Skripte in diesem Paket enthalten mehrere Aktionen. Um das fasta -Beispiel zu verwenden:

 Usage:
    python -m jcvi.formats.fasta ACTION


Available ACTIONs:
          clean | Remove irregular chars in FASTA seqs
           diff | Check if two fasta records contain same information
        extract | Given fasta file and seq id, retrieve the sequence in fasta format
          fastq | Combine fasta and qual to create fastq file
         filter | Filter the records by size
         format | Trim accession id to the first space or switch id based on 2-column mapping file
        fromtab | Convert 2-column sequence file to FASTA format
           gaps | Print out a list of gap sizes within sequences
             gc | Plot G+C content distribution
      identical | Given 2 fasta files, find all exactly identical records
            ids | Generate a list of headers
           info | Run `sequence_info` on fasta files
          ispcr | Reformat paired primers into isPcr query format
           join | Concatenate a list of seqs and add gaps in between
     longestorf | Find longest orf for CDS fasta
           pair | Sort paired reads to .pairs, rest to .fragments
    pairinplace | Starting from fragment.fasta, find if adjacent records can form pairs
           pool | Pool a bunch of fastafiles together and add prefix
           qual | Generate dummy .qual file based on FASTA file
         random | Randomly take some records
         sequin | Generate a gapped fasta file for sequin submission
       simulate | Simulate random fasta file for testing
           some | Include or exclude a list of records (also performs on .qual file if available)
           sort | Sort the records by IDs, sizes, etc.
        summary | Report the real no of bases and N's in fasta files
           tidy | Normalize gap sizes and remove small components in fasta
      translate | Translate CDS to proteins
           trim | Given a cross_match screened fasta, trim the sequence
      trimsplit | Split sequences at lower-cased letters
           uniq | Remove records that are the same

Dann müssen Sie eine Aktion verwenden, Sie können einfach Folgendes tun:

 python -m jcvi.formats.fasta extract

Dadurch erfahren Sie, welche Optionen und Argumente erwartet werden.

Schauen Sie sich gerne andere Skripte im Paket an, es gilt nicht nur für FASTA.

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