Dieses Repository stellt einen rechnerischen Arbeitsablauf zur Berechnung und Charakterisierung aller iModulons für einen ausgewählten Organismus dar. Dies geschieht in fünf Schritten:
iModulons sind unabhängig modulierte Gruppen von Genen, die durch unabhängige Komponentenanalyse (ICA) eines Genexpressionsdatensatzes berechnet werden. Um mehr über iModulons zu erfahren oder veröffentlichte iModulons zu erkunden, besuchen Sie iModulonDB oder sehen Sie sich unsere Veröffentlichungen für Escherichia coli , Staphylococcus aureus oder Bacillus subtilis an.
Hier stellen wir das Konzept des Moduloms für einen Organismus vor, das die Menge aller iModulons ist, die für den Organismus basierend auf öffentlich verfügbaren RNA-seq-Daten berechnet werden können. Die Berechnungspipeline bietet einen schrittweisen Arbeitsablauf zur Berechnung des Moduloms für Bacillus subtilis .
Wir haben vorgefertigte Docker-Container mit der gesamten notwendigen Software bereitgestellt.
Installieren Sie zunächst Docker und Nextflow.
Sie können jedes Programm auch lokal ausführen, wobei alle Anforderungen in der Datei conda environment.yml aufgeführt sind. Für Schritt 5 (Charakterisierte iModulons) installieren Sie zusätzlich pymodulon.
Bitte zitieren Sie den folgenden Artikel: iModulonMiner und PyModulon: Software für unüberwachtes Mining von Genexpressionskompendien
