pbbam
Version 2.1.0
Ab der Version 3.0 von SMRTanalysis verwendet PacBio das branchenübliche BAM-Format für (sowohl ausgerichtete als auch nicht ausgerichtete) Basecall-Datendateien. Wir haben außerdem ein BAM-Begleitdateiformat (bam.pbi) formuliert, das einen schnellen Zugriff auf einen umfangreicheren Satz von Informationen pro Lesevorgang sowie Kompatibilität mit Software ermöglicht, die auf dem alten cmp.h5-Format basiert.
Das pbbam- Softwarepaket bietet Komponenten zum Erstellen, Abfragen und Bearbeiten von PacBio-BAM-Dateien und zugehörigen Indizes. Zu diesen Komponenten gehören eine C++-Kernbibliothek, Bindungen für zusätzliche Sprachen und Befehlszeilendienstprogramme.
Das neueste pbbam kann über das Bioconda-Paket pbbam installiert werden.
Weitere Informationen zu Installation, Support, Lizenz, Urheberrecht und Haftungsausschluss finden Sie auf unserer offiziellen pbbioconda-Seite.
Diese Bibliothek ist nicht für die Verwendung als allgemeines BAM-Dienstprogramm gedacht – alle Eingabe- und Ausgabe-BAMs müssen der PacBio BAM-Formatspezifikation entsprechen. BAMs, die nicht von PacBio stammen, führen dazu, dass Ausnahmen ausgelöst werden.
Dokumentations-Startseite
Änderungsprotokoll
pbbam validiert alle BAM-Dateien und prüft im Rahmen dieser Validierung, ob die Variablen BindingKit und SequencingKit in jeder ReadGroup der bereitgestellten BAM-Datei bekannt sind. Im Rahmen laufender chemischer Entwicklungen müssen wir möglicherweise neue Teilenummern einführen, um neue Reagenzien und/oder SMRT-Zellen zu identifizieren. Es ist unwahrscheinlich, dass bei der Verwendung von SMRT Link solche Probleme auftreten, da es über einen integrierten Auto-Updater verfügt, der regelmäßig neue Chemikalien überprüft und automatisch installiert. Alle PacBio-Tools, die ohne eine ordnungsgemäße SMRT-Link-Installation verwendet werden, erfordern einen manuellen Eingriff, um neue Chemikalien herunterzuladen:
cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "
wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml Dies führt dazu, dass pbbam versucht, die Out-of-Band chemistry.xml aus SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR zu laden, und sollte es Ihnen ermöglichen, etwas ältere Software mit etwas neueren BAMs zu verwenden. Hinweis: Dadurch kann nur die interne Validierung von pbbam bestanden werden. Andere chemieabhängige Software funktioniert dadurch nicht automatisch mit neueren Chemikalien. Beispielsweise ist das Backend von Arrow (Unanimity) ebenfalls auf die Chemie parametrisiert und wird scheitern, wenn eine völlig neue Chemie eingeführt wird. Weitere Informationen zur Verwendung SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR zum Laden von Modellen für neue Chemikalien finden Sie in den häufig gestellten Fragen von Unanimity.
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