cell2tcr

Cell2TCR ist ein Werkzeug zur Inferenz von T-Zell-Rezeptor (TCR)-Motiven. Ein TCR-Motiv beschreibt eine Gruppe von TCRs mit ausreichender Sequenzähnlichkeit, um wahrscheinlich ein gemeinsames Epitop zu erkennen.

Erste Schritte

Siehe Beispielverwendung in cell2tcr.ipynb.

Installation

1. Erstellen Sie eine neue Conda-Umgebung

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Installieren Sie Cell2TCR von Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Optional: Fügen Sie einen Kernel zur Verwendung in Jupyter-Notebooks hinzu

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

Die menschliche SARS-CoV-2-Herausforderung deckt lokale und systemische Reaktionsdynamiken auf

Veröffentlicht in Nature am 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling , Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer , Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† & Sarah A. Teichmann†