partis

Partei

Partis ist ein HMM-basiertes Framework für die Annotation, Simulation, Klonfamilien- und Keimbahninferenz von B- und T-Zell-Rezeptorsequenzen sowie die Affinitätsvorhersage. Es basiert auf dem Ham-HMM-Compiler und dem ig-sw-Satz von Smith-Waterman-Annotationstools. Partis ist freie Software unter der GPL v3.

Die verschiedenen Komponenten werden in den folgenden Artikeln beschrieben. Da sie ganz unterschiedliche Dinge tun, ist es am besten, wenn Sie die spezifischen Artikel zitieren können, in denen die von Ihnen verwendeten Komponenten beschrieben werden.

• Gepaartes Clustering Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2022). Rückschluss auf klonale B-Zell-Familien mithilfe von Informationen zur Paarung schwerer/leichter Ketten. PLoS Computational Biology, 18(11), e1010723.
• Auswahlmetriken Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2020). Verwendung von B-Zell-Rezeptor-Linienstrukturen zur Vorhersage der Affinität. PLoS Computational Biology, 16(11), e1008391.
• Keimbahninferenz Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019). Rückschluss auf die Immunglobulin-Keimbahn pro Probe [...]. PLoS Computational Biology, 15(7), e1007133.
• Klonale Familieninferenz Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). Wahrscheinlichkeitsbasierte Inferenz von B-Zell-Klonfamilien. PLoS Computational Biology, 12(10), e1005086.
• HMM-Framework und BCR-Annotation Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). Konsistenz von [...] ermöglicht eine genaue Annotation der B-Zell-Rezeptorsequenz. PLoS Computational Biology, 12(1), e1004409.

Der beste Ausgangspunkt für die Lektüre des Handbuchs ist entweder die Kurzanleitung oder das Inhaltsverzeichnis. Details zu den vielen Optionen, die dort nicht dokumentiert sind, finden Sie, indem Sie die Hilfe jedes Unterbefehls ausführen, beispielsweise partis cache-parameters --help oder partis simulate --help .

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