RagTag

RagTag

RagTag ist eine Sammlung von Softwaretools zum Gerüstbau und zur Verbesserung moderner Genomassemblierungen. Zu den Aufgaben gehören:

• Homologiebasierte Fehlassemblierungskorrektur
• Homologiebasiertes Montagegerüst und Patching
• Gerüstverschmelzung

RagTag bietet außerdem Befehlszeilen-Dienstprogramme für die Arbeit mit gängigen Genom-Assembly-Dateiformaten.

Erste Schritte

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

Dokumente

Eine ausführliche Dokumentation finden Sie im Wiki.

Abhängigkeiten

• Minimap2, Unimap oder Nucmer
• Python 3 (mit den folgenden automatisch installierten Paketen)
  • Numpy
  • Intervallbaum
  • Pysam
  • Netzwerkx

Zitat

• Alonge, Michael et al. „Automatisierte Montagegerüste ermöglichen ein neues Tomatensystem für die Hochdurchsatz-Genombearbeitung.“ Genombiologie (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag ersetzt RaGOO:

• Alonge, Michael et al. „RaGOO: schnelles und genaues referenzgesteuertes Gerüst von Entwurfsgenomen.“ Genombiologie 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Danksagungen

Viele der wichtigsten algorithmischen Verbesserungen im Vergleich zur ersten Version von RaGOO wurden von Aleksey Zimin, dem Hauptentwickler des MaSuRCA-Assemblers, bereitgestellt. Luca Venturini schlug viele Funktionserweiterungen vor und implementierte sie zunächst, beispielsweise die Pysam-Integration. RagTag „merge“ wurde von CAMSA inspiriert. Der Entwickler von CAMSA, Sergey Aganezov, half bei der Überprüfung des relevanten RagTag-Codes. RagTag „Patch“ wurde von Grafter inspiriert, einem Gerüstwerkzeug von Melanie Kirsche. Melanie gab Anleitung für die RagTag-Implementierung. Michael Schatz hat das gesamte Projekt begleitet.