meryl

Meryl

Dies ist „Meryl“, eine nahezu vollständige Neufassung von „Meryl“, die sowohl im Projekt kmer als auch im Celera Assembler erschien.

WICHTIG : Holen Sie sich den neuesten Meryl-Code aus diesem Repo. Dies ist nicht kompatibel mit alten Meryl DBS, die mit Canu 1.8 oder früher erstellt wurden. Das neue Meryl ist deutlich schneller als die Vorgängerversion.

meryl dbs liegen nicht mehr im .mcdat und .mcidx Dateiformat vor. Meryl db ist jetzt als VERZEICHNIS konzipiert und enthält 64 Binärdateien + 64 Indizes (128 Dateien).

Abhängigkeit

• gcc 10.2.0 oder höher

Installation

• Release-Version: Laden Sie eine stabile Release-Version herunter

 # Beispiel für Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• Experimenteller Tipp (verwenden Sie Git 2.25.1 oder höher):

 Git-Klon https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

Bewerten Sie Baugruppen mit k-mers und mehr

Siehe Merqury.

Unter Berufung auf Meryl

Wir wollten die Welt nicht mit einem weiteren K-Mer-Zählpapier belasten, also haben wir Meryl in die Quecksilber-Methoden gestopft:

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. et al. Merqury: referenzfreie Qualitäts-, Vollständigkeits- und Phasenbewertung für Genomassemblierungen. Genome Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9