seurat wrappers
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SeuratWrappers ist eine Sammlung von von der Community bereitgestellten Methoden und Erweiterungen für Seurat, kuratiert vom Satija Lab am NYGC. Diese Methoden umfassen Funktionen, die derzeit in Seurat nicht zu finden sind, und können viel häufiger aktualisiert werden.
In unserem Beitragsleitfaden finden Sie Unterstützung und Richtlinien für die Entwicklung und das Hinzufügen neuer Methoden zu SeuratWrappers
Einzelne Methodenvignetten finden Sie im Verzeichnis docs/ . Wir empfehlen, beim Anzeigen auf GitHub einen Blick auf die Standard-Markdown-Dateien ( *.md ) zu werfen
Die Installation kann über Fernbedienungen erfolgen
remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )| Paket | Vignette | Referenz | Quelle |
|---|---|---|---|
| Monokel 3 | Berechnung von Flugbahnen mit Monocle 3 und Seurat | Cao et al, Nature 2019 | https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3 |
| scVelo | Schätzung der RNA-Geschwindigkeit mit Seurat und scVelo | Bergen et al., bioRxiv 2019 | https://scvelo.readthedocs.io |
| CoGAPS | Ausführen von CoGAPS für Seurat-Objekte | Stein-O'Brien et al, Cell Systems 2019 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html |
| glmpca | Ausführen von GLM-PCA auf einem Seurat-Objekt | Townes et al, Genome Biology 2019 | https://github.com/willtownes/glmpca |
| Conos | Integration von Datensätzen mit Conos | Barkas et al, Nature Methods 2019 | https://github.com/hms-dbmi/conos |
| LIGER | Integration von Seurat-Objekten mit LIGER | Welch et al, Cell 2019 | https://github.com/MacoskoLab/liger |
| fastMNN | Ausführen von fastMNN auf Seurat-Objekten | Naturbiotechnologie 2018 | https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html |
| Harmonie | Integration von Datensätzen mit Harmony | Korsunsky et al., bioRxiv 2018 | https://github.com/immungenomics/harmony |
| ALRA | Nullerhaltende Imputation mit ALRA | Linderman et al., bioRxiv 2018 | https://github.com/KlugerLab/ALRA |
| Geschwindigkeit | Schätzung der RNA-Geschwindigkeit mit Seurat | La Manno et al, Nature 2018 | https://velocyto.org |
| schex | Verwendung von Schex mit Seurat | Freytag, R-Paket 2019 | https://github.com/SaskiaFreytag/schex |
| Alevin | Importieren Sie Alevin-Zählungen nach Seurat | Srivastava et. al., Genombiologie 2019 | https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools |
| Nebulosa | Visualisierung der Genexpression mit Nebulosa | Jose Alquicira-Hernandez und Joseph E. Powell, in Prüfung | https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa |
| CIPR | Verwendung von CIPR mit menschlichen PBMC-Daten | Ekiz et. al., BMC Bioinformatics 2020 | https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package |
| miQC | Ausführen von miQC für Seurat-Objekte | Hippen et. al., bioRxiv 2021 | https://github.com/greenelab/miQC |
| Dreirad | Ausführen von „estimate_cycle_position“ vom Dreirad auf Seurat-Objekten | Zheng et. al., bioRxiv 2021 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html |
