iCount

iCount: Protein-RNA-Interaktionsanalyse

iCount ist ein Python-Modul und eine zugehörige Befehlszeilenschnittstelle (CLI), die alle erforderlichen Befehle bereitstellt, um iCLIP-Daten zu Protein-RNA-Interaktionen zu verarbeiten und Folgendes zu generieren:

• demultiplexte und Adapter-getrimmte FASTQ-Dateien,

• BAM-Dateien mit zugeordneten iCLIP-Lesevorgängen,

• identifizierte Protein-RNA-vernetzte Stellen, gespeichert in BED-Dateien,

• Peaks bestehend aus statistisch signifikanten vernetzten Standorten, gespeichert in BED-Dateien,

• Cluster bedeutender vernetzter Websites, gespeichert in BED-Dateien,

• Gruppierung einzelner Wiederholungsexperimente,

• RNAmap-Erstellung, die die Positionsverteilung vernetzter Stellen relativ zu genomischen Orientierungspunkten zeigt,

• Kmer-Anreicherungsanalyse,

• und andere.

Sie können mit dem Tutorial beginnen oder in die Dokumentation eintauchen.

Autoren

iCount wird von Tomaž Curk vom Bioinformatiklabor der Universität Ljubljana, Fakultät für Computer- und Informationswissenschaften, und in Zusammenarbeit mit dem Labor von Jernej Ule entwickelt und unterstützt.

Die Entwicklung begann Ende 2008, als Tomaž Curk und Gregor Rot einen ersten Prototyp von iCount schrieben. Seitdem ist viel passiert. Einzelheiten und vollständige Danksagungen finden Sie im Abschnitt „Zitieren“ in der Dokumentation.

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