RCAS

RCAS-Projekt

Einführung

RCAS ist ein R/Bioconductor-Paket, das als generisches Berichtstool für die Funktionsanalyse transkriptomweiter Regionen von Interesse konzipiert ist, die durch Hochdurchsatzexperimente erkannt wurden. Bei solchen transkriptomischen Regionen könnte es sich beispielsweise um Signalpeaks handeln, die durch CLIP-Seq-Analyse für Protein-RNA-Interaktionsstellen, RNA-Modifikationsstellen (alias Epitranskriptom), CAGE-Tag-Positionen oder jede andere Sammlung von Abfrageregionen auf der Ebene der Protein-RNA-Interaktion erkannt wurden Transkriptom. RCAS erstellt detaillierte Annotationszusammenfassungen und Abdeckungsprofile basierend auf der Verteilung der Abfrageregionen in Bezug auf Transkriptmerkmale (Exons, Introns, 5'/3'-UTR-Regionen, Exon-Intron-Grenzen, Promotorregionen). Darüber hinaus kann RCAS funktionelle Anreicherungsanalysen und die Entdeckung diskriminierender Motive durchführen. RCAS unterstützt alle Genomversionen, die in BSgenome::available.genomes verfügbar sind

Installation:

Installation vom Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Installation der Entwicklungsversion von Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Installation über den Bioconda-Kanal

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Installation über Guix

guix package -ir r-rcas

Verwendung:

Paketvignetten und Referenzhandbuch

Ausführliche Anweisungen zur Verwendung von RCAS finden Sie hier:

• Packungsvignette zur Einzelprobenanalyse
• Packungsvignette für die Analyse mehrerer Proben
• Weitere Informationen zu den detaillierten Funktionen von RCAS finden Sie im Referenzhandbuch.

Anwendungsfälle aus veröffentlichten RNA-basierten Omics-Datensätzen

Anwendungsfall für die Analyse mehrerer Stichproben

• Sehen Sie sich einen Beispielbericht an, der die Peakregionen vergleicht, die durch CLIP-Sequenzierungsexperimente des RNA-bindenden Proteins FUS von Nakaya et al., 2013, entdeckt wurden, Synaptic Functional Regulator FMR1 von Ascano et al. 2012 und Eukaryotischer Initiationsfaktor 4A-III von Sauliere et al., 2012.

Anwendungsfälle für die Einzelprobenanalyse

• RCAS-Bericht für PUM2-RNA-Bindungsstellen, die mit der PAR-CLIP -Technik erkannt wurden (Hafner et al., 2010)

  • Eingabe: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• RCAS-Bericht für QKI-RNA-Bindungsstellen, die mit der PAR-CLIP- Technik erkannt wurden (Hafner et al., 2010)

  • Eingabe: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• RCAS-Bericht für IGF2BP123-RNA-Bindungsstellen, die mit der PAR-CLIP- Technik erkannt wurden (Hafner et al., 2010)

  • Eingabe: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• RCAS-Bericht für winzige RNA-Loci (tiRNA), die durch deepCAGE -Analyse entdeckt wurden (Taft et al. 2009)

  • Eingabe: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• RCAS-Bericht für m ¹ A -Methylierungsstellen (Dominissini et al., 2016)

  • Eingabe: GSE70485_human_peaks.txt.gz

Zitat

Um RCAS zu zitieren, verwenden Sie bitte:

Bora Uyar, Dilmurat Yusuf, Ricardo Wurmus, Nikolaus Rajewsky, Uwe Ohler, Altuna Akalin; RCAS: ein RNA-zentriertes Annotationssystem für transkriptomweite Regionen von Interesse. Nucleic Acids Res 2017 gkx120. doi: 10.1093/nar/gkx120

Sehen Sie sich hier unsere Publikation an.

Danksagungen

RCAS wird in der Gruppe von Altuna Akalin (Leiter der Scientific Bioinformatics Platform) von Bora Uyar (Bioinformatiker), Dilmurat Yusuf (Bioinformatiker) und Ricardo Wurmus (Systemadministrator) am Berliner Institut für Medizinische Systembiologie (BIMSB) entwickelt das Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) in Berlin.

RCAS wird als Bioinformatikdienst im Rahmen des RNA Bioinformatics Center entwickelt, einem der acht Zentren des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI).