Willkommen in der Genovo World. Wir sind das Team Shenzhen_BGIC_0101_2013. Für eine bessere Ansicht gehen Sie bitte zur Projektseite. :) :)
Das Neochr-Modul würde Benutzern dabei helfen, verwandte Gene auf verschiedenen Pfaden manuell zu erfassen, die Beziehung der Gene logisch neu zu verknüpfen* und Gene durch Orthologe mit höherer Punktzahl zu ersetzen*.
NucleoMod ist ein Modul zur Modifizierung der CDS-Sequenz von Genen, die vom Neochr-Modul generiert wurden. Dieses Modul enthält 5 Plugins: CRISPR-Design, Enzymstelle löschen, Enzymstelle erstellen, Codon-Optimierung, Smash wiederholen. Alle diese Plugins ermöglichen es dem Benutzer, das Gen zu ändern oder zu optimieren. Nach der NucleoMod-Operation besteht der nächste Schritt darin, dass SegmMan eine Synthesemethode entsprechend der Chromosomenlänge entwirft.
Der Synthesizer oder Synthesechip kann bis zu 3 kb DNA mit hoher Genauigkeit sequenzieren, aber das Chromosom ist nicht so kurz. SegmMan kann dieses Problem lösen, indem es das Chromosom in 30.000 Fragmente spaltet, nach der Analyse seiner verlassenen Enzymstellen die Segmentierung in 10.000 und 2.000 Fragmente fortsetzt. Auf der 10k- und 2k-Ebene werden vektorhomologe Regionen hinzugefügt und Enzymstellen entworfen.
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Unsere Software basiert vollständig auf JBrowse, der nächsten Generation von GBrowse. Wenn Sie JBrowse installiert haben, ziehen Sie einfach Git und verwenden Sie es.
Informationen zur Installation von JBrowse finden Sie im Haupt-JBrowse-Wiki unter http://gmod.org/wiki/JBrowse.
Zur Kurzbeschreibung:
(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)Chrome, Firefox, and IE10 is recommandSie müssen die Apache-Berechtigung ändern, indem Sie /etc/apache2/envvars bearbeiten
export APACHE_RUN_USER=`whoami`
export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`
Und
sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json
Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin
Kopieren Sie „plugins/, server/“ nach Jbrowse.
NucleoMod hängt von Blast+ ab. Wenn Sie also ein Debian-basiertes System verwenden:
apt-get install ncbi-blast+
Oder Sie können die Installation von:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/durchführen.
Laden Sie UNAFoldt und Biopython herunter und installieren Sie sie von:
- UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
git is needed
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./data/
|-NeoChr_5_add # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
|---01.whole2mega # SegmMan plugin data
|---02.globalREmarkup # SegmMan plugin data
|---03.mega2chunk2mini # SegmMan plugin data
|---chip_data # chip design
|---names # prefix for search
|---seq # crc32 encode refsequence name path
|-----d7f
|-------417
|---------f1
|---tracks # track display in browser
|-----gene # track cluster
|-------NeoChr # Genome Name
|-----part
|-------NeoChr
|-----Transcript
|-------NeoChr
./server/
|-bin
|---chip_new # create new chip data
|-----ols-pool-generation-script
|-------output-oligos-and-primers
|---GetPrice # fetch enzyme price
|---segmentation # SegmMod plugin
|-config # plugins config data
|---features
|---geneset
|---globalREmarkup
|---markers
|---Optimize
|-doc # document about plugins
|-lib # library used
|-pathway # pathway data used
|-REST # end-side REST implement
|-------chip
|-------features
|-------modify
|-------Segmentation
|-------stats
|---config
|-rewire
base_url = server/REST/index.php
# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end
POST base_url/features/delete
# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)
# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav
# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&
# add loxp, centremele, ARS and so on
POST /modify/Add
# SegmMod plugin
POST /Segmentation/globalREmarkup
/Segmentation/mega2chunk2mini
/Segmentation/whole2mega
GET /Segmentation/info
# Nucleo plugin
POST /NucleoMod
# chip plugin
POST /chip/chip
GET /stats/config
# for get downloadable data information
GET /data/info
Darüber hinaus ist unsere serverseitige Implementierung flexibel. Der Benutzer kann serverseitige Daten für den Stromverbrauch konfigurieren.
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##Bronzemedaille
Hinweis: Unsere riesige Software zielt darauf ab, Biobrick auf Geräteebene basierend auf synthetisierten DNA-Fragmenten zu betreiben. Aber auf Biobrick-Ebene kann das zweite Modul Benutzern auch dabei helfen, Gene zu entwerfen, wie z. B. die Deletion von EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I im CDS, Codon-Optimierung und Repeat Smash.
Da unser Projekt so groß und stark erweiterbar ist, können mindestens 5 Ideen aus Zeitgründen nicht umgesetzt werden.
Für das dritte Modul SegmMan verfügen wir über eine ergänzende Design- und Synthesemethode OLS-Chip-Synthese (Link), sodass Genovo sowohl für Synthesizer als auch für Chip kompatibel ist.
Text-Tutorial
Wir haben das Softwareteam Shenzhen_BGIC_ATCG, das das zweite Modul zum Design seiner Gene verwendet.
Das SC2.0-Projekt testet auch das SegmMan-Modul zur Segmentierung von chrVII.
2.A Skizzieren und erläutern Sie, wie sich Ihre Software auf menschliche Praktiken in der synthetischen Biologie auswirkt.
Aktie:
Innovation:
Werbung:
Wir haben versucht, unsere Teamtrikots an Leute von BGI zu verkaufen.
2.B Verwenden Sie SBOL in Ihrer Softwaredokumentation.
Wir verwenden SBOL als einen der Ergebnisse des ersten Moduls, um die Gene im neu geschaffenen Pfad zu beschreiben.
Design von BioBrick-Teilen oder -Geräten:
Konstruktion von BioBrick-Teilen oder -Geräten:
