RCSB Saguaro 1D Feature Viewer ist eine Open-Source-TypeScript-Bibliothek, die zur Anzeige von Protein- und Genomsequenzanmerkungen über das Web verwendet wird. Das Projekt wird bei RCSB PDB entwickelt und gepflegt und wird derzeit zur Anzeige von Proteinfunktionen auf seiner Website verwendet. Das Paket bietet mehrere Arten von Datenanzeigen und zahlreiche Optionen zur individuellen Anpassung der Funktionsvisualisierung.
Bei Verwendung von rcsb-saguaro geben Sie bitte Folgendes an:
Joan Segura, Yana Rose, John Westbrook, Stephen K. Burley, Jose M. Duarte. RCSB Protein Data Bank 1D-Tools und -Dienste, Bioinformatik, 2020; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1012
npm install @rcsb/rcsb-saguaro
Im Ordner src/examples sind verschiedene Testbeispiele verfügbar
git clone [email protected]:rcsb/rcsb-saguaro.gitcd rcsb-saguaronpm installnpm run devServerGehen Sie zu:
http://localhost:9000/MultipleTracks.htmlhttp://localhost:9000/MultipleAlignment.html
Die vollständige Dokumentation der TypeScript-Klassen finden Sie hier.
Dies sind die wichtigsten Elemente, wenn Sie RCSB Saguaro nur zur Visualisierung von Proteinanmerkungen verwenden möchten
Die Konfiguration des Hauptobjekts der Feature-Viewer-Tafel definiert den Koordinatenbereich, die Spur- und Titelbreite sowie die Achsenanzeige. Der vollständige Satz von Attributen ist in der RcsbFvBoardConfigInterface-Schnittstelle definiert.
Die Eigenschaften der Hauptplatinenkonfiguration sind:
const boardConfig = {
range : {
min : 20 ,
max : 110
} ,
trackWidth : 940 ,
rowTitleWidth : 260 ,
includeAxis : true
} ; Das Zeilenkonfigurationsobjekt definiert Format und Inhalt von Feature-Viewer-Zeilen. Der vollständige Satz von Platinenreihenkonfigurationsattributen ist in RcsbFvRowConfigInterface definiert.
Die Eigenschaften der Hauptzeilenkonfiguration sind:
const sequence = "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQ" +
"EEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAA" +
"RTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKLRKLNPPDESGPGCMS" const sequenceTrack = {
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "sequence" ,
rowTitle : "SEQUENCE" ,
trackData : [ {
begin : 1 ,
label : sequence
} ]
} const blockTrack = {
trackId : "blockTrack" ,
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "block" ,
displayColor : "#FF0000" ,
rowTitle : "BLOCK" ,
trackData : [ {
begin : 30 ,
end : 60 ,
gaps : [ {
begin : 40 ,
end : 50
} ]
} , {
begin : 80 ,
end : 90 ,
openEnd : true
} ]
} const pfv = new RcsbFv . Create ( {
boardConfigData : boardConfig ,
rowConfigData : [ sequenceTrack , blockTrack ] ,
elementId : "htmlElementId"
} ) ;Sehen Sie sich dieses erweiterte Beispiel online hier an
Die gesamte Beispielsammlung kann bei CODEPEN bearbeitet und geändert werden
Wir stellen auch eine Bibliothek (rcsb-saguaro-app) zur Verfügung, um vorkonfigurierte 1D-Protein-Feature-Ansichten von RCSB PDB- und UniProtKB-Annotationen zu erstellen.
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