straw

Straw: Daten aus .hic-Dateien schnell streamen

Straw ist eine Bibliothek, die ein schnelles Streaming von Kontaktdaten aus .hic-Dateien ermöglicht. Dieses Repository enthält Quellcode für die C++-, R-, Python- und MATLAB-Versionen von Straw.

• Informationen zur Java-Version finden Sie unter: https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Die Javascript-Version finden Sie unter: https://github.com/igvteam/hic-straw/

Es gibt zwei Python-Versionen – eine reine Python-Version und eine, die den C++-Code mit pybind11 umschließt. Die frühere Version wurde zugunsten der Verwendung der pybind11-Version veraltet, die viel schneller ist.

• Zu Archivierungszwecken wurde die reine Python-Version nach https://github.com/aidenlab/pystraw verschoben

Ein Jupyter-Notebook-Beispiel für die Verwendung von Stroh finden Sie hier: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Installieren Sie Straw für Python

Verwenden Sie pip install hic-straw . Wenn Sie aus dem Quellcode erstellen möchten, muss pybind11 installiert sein. Klonen Sie die Bibliothek und cd in das straw/ -Verzeichnis. Dann pip install ./pybind11_python .

Kompilieren Sie Straw für C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

Sie müssen cURL installiert haben. Weitere Dokumentation finden Sie im Wiki.

Bei Fragen nutzen Sie bitte die Google-Gruppe.

Die laufende Entwicklungsarbeit wird von Muhammad S. Shamim durchgeführt. Zu den früheren Mitwirkenden zählen Neva C. Durand und viele andere.

Wenn Sie dieses Tool in Ihrer Arbeit verwenden, geben Sie es bitte an

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander und Erez Lieberman Aiden. „Juicebox bietet ein Visualisierungssystem für Hi-C-Kontaktkarten mit unbegrenztem Zoom.“ Zellsysteme 3(1), 2016.