RAPD

RAPD

Hinweis: Dieses Projekt befindet sich in der Entwicklung und ist auf dem neuesten Stand. Der Kodex dürfte sich im Juni 2021 deutlich stabilisieren.

Ein Paket für die automatisierte Indizierung, Strategie, Integration, Analyse und Strukturlösung makromolekularer kristallographischer Daten.

Derzeit bauen wir Funktionen für die Befehlszeile aus und fügen der Software Detektoren hinzu.

Aktuelle Befehle:

• analysieren – Analysieren Sie einen MX-Datensatz und führen Sie eine PDF-Abfrage durch
• get_cif – Holen Sie sich eine CIF-Datei aus der PDB durch 4-stelligen Code
• get_pdb – Holen Sie sich eine PDB-Datei aus der PDB durch 4-stelligen Code
• hdf5_to_cbf – Konvertieren Sie HDF5-Dateien in CBF
• index – MX-Daten indizieren und Datenerfassungsstrategien berechnen
• integrieren – MX-Daten integrieren
• pdbquery – Vergleichen Sie Daten mit Eingabestrukturen, häufigen Verunreinigungen oder Strukturen in der PDB mit ähnlichen Elementarzellenparametern

Entwicklerbefehle:

• generieren – neue RAPD-Vorlagendateien erstellen
• print_detector – Bilddateiinformationen drucken
• Python – Python-CLI mit vollständigen RAPD-Importen verfügbar
• test – Testläufer für RAPD-Projekt
• Version – druckt die aktuell installierte RAPD-Version
• xds_to_dict – wandelt ein XDS.INP in ein Python-Dikt um, um es in die RAPD-Detektordatei aufzunehmen

Aktuelle Standortdetektoren werden unterstützt (weitere folgen):

• APS

  • aps_gmca_dectris_eiger16m
  • lscat_dectris_eiger9m
  • lscat_rayonix_mx300
  • necat_dectris_eiger16m
  • necat_dectris_pilatus6mf
  • sercat_rayonix_mx300hs

• UCLA

  • ucla_rigaku_raxisivpp

Anweisungen zur Installation und Einrichtung finden Sie unter install/README.md