biochatter
v0.7.9
| Lizenz | Python | ||
| Paket | Build-Status | ||
| Tests | Docker | ||
| Entwicklung | Beiträge |
Generative KI-Modelle haben sich bei der Verbesserung der Zugänglichkeit und Automatisierung einer Vielzahl von Aufgaben als enorm nützlich erwiesen. Dennoch ist ihre Anwendung im biomedizinischen Bereich immer noch begrenzt, was teilweise auf das Fehlen eines gemeinsamen Rahmens für den Einsatz, das Testen und die Bewertung der verschiedenen Modelle und Hilfstechnologien zurückzuführen ist, die benötigt werden. Dieses Repository enthält das biochatter -Python-Paket, eine generische Backend-Bibliothek für die Verbindung biomedizinischer Anwendungen mit Konversations-KI.
Die Bibliothek wird in diesem Preprint beschrieben und in verschiedenen Demoanwendungen verwendet, um ihre Verwendung zu demonstrieren:
ein einfaches Python-basiertes Frontend namens BioChatter Light, das wir unter https://github.com/biocypher/biochatter-light entwickeln;
ein erweitertes Next.js-basiertes Frontend namens BioChatter Next, das wir unter https://github.com/biocypher/biochatter-next entwickeln;
ein RESTful-API-Server zur Verwendung durch das Next-Frontend (und jede andere REST-basierte Anwendung) unter https://github.com/biocypher/biochatter-server.
BioChatter ist Teil des BioCypher-Ökosystems und verbindet sich nativ mit BioCypher-Wissensgraphen. Der BioChatter-Artikel wird hier geschrieben.
Um das Paket zu verwenden, installieren Sie es über PyPI, zum Beispiel mit pip ( pip install biochatter ) oder Poetry ( poetry add biochatter ).
Das Paket verfügt über einige optionale Abhängigkeiten, die mit den folgenden Extras installiert werden können (z. B. pip install biochatter[xinference] ):
xinference : Unterstützung für die Abfrage von Open-Source-LLMs über Xorbits Inference
podcast : Unterstützung für Podcast-Text-to-Speech (für das kostenlose Google TTS; das kostenpflichtige OpenAI TTS kann ohne dieses Extra verwendet werden)
streamlit : Unterstützung für streamlit-UI-Funktionen (verwendet in BioChatter Light)
Beispiele, Anwendungsfälle und weitere Informationen finden Sie in der Dokumentation. Viele allgemeine Funktionen, die von BioChatter abgedeckt werden, sind in der BioChatter Light-Codebasis im Einsatz.
Wir freuen uns sehr über große und kleine Beiträge aus der Community! Wenn Sie zur BioCypher-Entwicklung beitragen möchten, lesen Sie bitte unsere Beitragsrichtlinien und die Entwicklerdokumente. :) :)
Wenn Sie informelle Fragen stellen, über Entwicklerthemen sprechen oder einfach nur chatten möchten, treten Sie bitte unserer Community unter https://biocypher.zulipchat.com bei!
Haftungsausschluss zum Imposter-Syndrom: Wir brauchen Ihre Hilfe. Nein, wirklich. Möglicherweise gibt es eine kleine Stimme in Ihrem Kopf, die Ihnen sagt, dass Sie nicht bereit sind, dass Sie nicht kompetent genug sind, einen Beitrag zu leisten. Wir versichern Ihnen, dass die kleine Stimme in Ihrem Kopf falsch ist. Am wichtigsten ist, dass es neben dem Schreiben von Code viele wertvolle Möglichkeiten gibt, einen Beitrag zu leisten.
Dieser Haftungsausschluss wurde aus dem Pooch-Projekt übernommen.
Weitere Informationen zur Verwendung großer Sprachmodelle in der Computerbiologie finden Sie in diesem Repository.
Wenn Sie Apple Silicon verwenden, können Probleme mit der grpcio Abhängigkeit ( grpc -Bibliothek, die in pymilvus verwendet wird) auftreten. Wenn ja, versuchen Sie, die Binärdatei von der Quelle zu installieren, nachdem Sie das installierte Paket von hier aus aus der virtuellen Umgebung entfernt haben:
pip uninstall grpcio
export GRPC_PYTHON_LDFLAGS= " -framework CoreFoundation "
pip install grpcio==1.53.0 --no-binary :all:
