PubData
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PubData ist eine Suchmaschine und ein Dateiabfragesystem für alle Bioinformatik-Datenbanken weltweit. PubData durchsucht biomedizinische FTP-Daten auf benutzerfreundliche Weise, ähnlich wie PubMed biomedizinische Literatur durchsucht. PubData wird sowohl als Webanwendung als auch als eigenständiges grafisches Benutzeroberflächen-Softwareprogramm (GUI) gehostet, während PubMed als Online-Webserver gehostet wird. PubData basiert auf neuartigen Netzwerkprogrammierungs- und Verarbeitungsalgorithmen für natürliche Sprache, die sich in die FTP-Server jeder benutzerdefinierten Bioinformatikdatenbank einbinden, deren Inhalte abfragen und Dateien zum Herunterladen abrufen können.
PubData ist in der Programmiersprache Python geschrieben (insbesondere Django und PyQt4). PubData kann über ein lokales Computernetzwerk aus der Ferne nach Dateien aus den tief verschachtelten Verzeichnisbäumen aller wichtigen Bioinformatik-Datenbanken suchen, darauf zugreifen, diese anzeigen und abrufen. Durch die Zusammenführung aller wichtigen Bioinformatik-Datenbanken unter dem Dach eines einzigen Softwareprogramms ermöglicht PubData dem Benutzer, den unnötigen Aufwand und die nicht standardisierte Komplexität zu vermeiden, die mit dem einzelnen Zugriff auf Datenbanken über einen Internetbrowser verbunden sind. Noch wichtiger ist, dass es einem Benutzer ermöglicht, mehrere Datenbanken gleichzeitig nach vom Benutzer angegebenen Schlüsselwörtern abzufragen (z. B. human , cancer , transcriptome ). Somit ermöglicht PubData Forschern die Suche, den Zugriff, die Anzeige und das Herunterladen von Dateien von den FTP-Servern aller wichtigen Bioinformatik-Datenbanken direkt von einem zentralen Standort aus. Durch die Verwendung lediglich einer GUI oder Webanwendung ermöglicht PubData dem Benutzer, bequem von seinem lokalen Computer aus gleichzeitig auf mehreren Bioinformatik-FTP-Servern zu surfen.
Bitte zitieren Sie: „Khomtchouk et al.: ‚PubData: search engine for bioinformatics databases Worldwide‘, 2016: http://dx.doi.org/10.1101/069575“ in jeder Quelle, die von PubData inspirierte Methoden verwendet.
PubData Verzeichnisses. Wenn Sie PubData öffnen, wählen Sie zunächst eine Bioinformatik-Datenbank aus, bei der Sie sich anmelden möchten:
Eingeloggt in die Datenbank des PANTHER-Klassifizierungssystems (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships):
Wenn Sie Ihre Lieblingsdatenbank nicht in der Liste sehen, können Sie sie manuell selbst einfügen (praktisch für kürzlich veröffentlichte Datenbanken):
Nehmen wir an, Sie möchten mehrere Datenbanken gleichzeitig durchsuchen:
Schlüsselwortsuche nach ChIP-seq-Dateien in diesen ausgewählten Datenbanken (es können auch mehrere Schlüsselwörter verwendet werden):
Zeigt alle relevanten Suchergebnisse zu ChIP-seq-Dateien in allen ausgewählten Datenbanken an:
Schlüsselwortsuche nach RNA-seq-Dateien in diesen ausgewählten Datenbanken (es können auch mehrere Schlüsselwörter verwendet werden):
Alle relevanten Suchergebnisse zu RNA-seq-Dateien (aus den ausgewählten Datenbanken) werden angezeigt:
