siar

SIAR v4.2.4.XXXX

Stabile Isotopenanalyse im R-Paket

VERWENDEN SIE DIESES PAKET SIAR NICHT!!!!

• WICHTIG: SIAR ist jetzt nicht mehr aktiv (tot, weg, vorbei).
  • Zur Anpassung von Ellipsen und konvexen Rümpfen nutzen Sie bitte die Pakete SIBER.
  • Bitte verwenden Sie für die Anpassung von Mischmodellen das Paket MixSIAR, das neben anderen Neuentwicklungen die neuesten Optionen zur Einbeziehung linearer Kovariaten und hierarchischer Zufallseffekte bietet. Sie können das Paket simmr auch zum Anpassen einfacher oder leichterer Versionen von Mischmodellen verwenden.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Quellenaufteilung mithilfe stabiler Isotope: Umgang mit zu großer Variation. PLoS ONE, 5(3), e9672 . doi

Version 4.2.4.XXXXX

• SIAR ist inzwischen nicht mehr aktiv.
  • Zur Anpassung von Ellipsen und konvexen Rümpfen nutzen Sie bitte die Pakete SIBER.
  • Bitte verwenden Sie für die Anpassung von Mischmodellen das Paket MixSIAR, das neben anderen Neuentwicklungen die neuesten Optionen zur Einbeziehung linearer Kovariaten und hierarchischer Zufallseffekte bietet. Sie können das Paket simmr auch zum Anpassen einfacher oder leichterer Versionen von Mischmodellen verwenden.

Version 4.2.4

• Fügen Sie das Argument „color.src“ (mit 20 verschiedenen Farben als Standard) zu den Funktionen „siarplotdatawrapper“ und „siarplotdata“ hinzu, während der Benutzer die Farben für Quellelemente selbst festlegen kann.
• Die Ausgabe in der Funktion „siarhdrs“ wurde von c („Low 95 % hdr“, „High 95 % hdr“, „mode“, „mean“) in c („Mean“, „SD“, „2,5 %“, „ geändert. 5%“, „25%“, „50%“, „75%“, „95%“, „97,5%“) als Standard.
• Rückgabewert für die Funktion „siarhdrs“ hinzufügen.

Version 4.2.3 20. Februar 2018

• Fehler aus 4.2.2.9000 übernommen.
• Fehler bei der Kennzeichnung glaubwürdiger Intervalle, die von siarproportionbysourceplot und siarproportionbygroupplot ausgegeben werden, behoben.

Version 4.2.2.9000 Hotfix 28. März 2017

• Update auf das Paket spatstat hat Siar kaputt gemacht. Dies wird in einem Hotfix im Master-Zweig durch spatstat.utils ersetzt.

Version 4.2.2 behebt:

• Fehler beim Aufruf von .C() für die einzelne Gruppe von Verbraucherdaten, der dadurch entsteht, dass der Datenrahmen nicht automatisch in das Doppelformat gezwungen wird. Die Konvertierung ist jetzt as.double(as.matrix(some.data)). Dies behebt den error: not a matrix

Version 4.2.1 behebt:

• Fehler in SIBER-Routinen in Linux-Distributionen beim Aufruf von bayesm:rmultireg über siar:bayesMVN, der von https://github.com/lsaravia entdeckt wurde
• Das main="my awesome graph"-Argument von siardensityplot() funktioniert jetzt.
• Linienbreiten in allen *.Rd-Dateien jetzt innerhalb der Grenze von 90 Zeichen für die PDF-Erstellung.
• Einige Instanzen von quartz()-Aufrufen wurden bereinigt, die in keinem Fall verwendet werden.

SIAR installieren

Sie können die Installation direkt von GitHub aus durchführen, wenn Sie das devtools-Paket installiert haben. Aber das solltest du wirklich nicht. Dieses Paket wird nicht mehr unterstützt und auch nicht empfohlen

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Anleitungen, Hilfe und Unterstützung

Für den Einstieg in SIAR steht eine Reihe von Materialien mit Links zu Beispieldateien, Video-Podcasts, Tutorials usw. zur Verfügung, die unter http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar verfügbar sind. php. Es gibt auch weitere Dateien und Beispiele unter https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries und ich werde diese verschiedenen Dateien irgendwann in der Zukunft in diesem Git-Repo und/oder der begleitenden Git-Website konsolidieren. Beachten Sie auch, dass ich derzeit an einem großen Update für SIBER arbeite, bei dem es irgendwann aus dem SIAR-Paket entfernt wird https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Danksagungen

Vielen Dank an Natalie Cooper für die Hilfe bei den Github-Installationsanweisungen und allgemeinen Git-Ratschlägen!

Veröffentlichungen

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R. und Bearhop, S. 2011. Vergleich der Isotopen-Nischenbreiten zwischen und innerhalb von Gemeinschaften: SIBER – Stable Isotope Bayesian Ellipses in R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. doi

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Quellenaufteilung mithilfe stabiler Isotope: Umgang mit zu großer Variation. PLoS ONE, 5(3), e9672 . doi