intervene

Eingreifen

ein Werkzeug zur Kreuzung und Visualisierung mehrerer Gen- oder Genomregionssätze

Dokumentation

Eine ausführliche Dokumentation ist in verschiedenen Formaten verfügbar: HTML | PDF | ePUB

Installation

Schnelle Installation mit Conda

conda install -c bioconda intervene

Dadurch werden alle Abhängigkeiten installiert und Sie können Intervene verwenden.

Mit pip installieren

Sie können Intervene von PyPi aus mit pip installieren.

Von PyPi installieren:

 pip install eingreifen

Hinweis: Wenn Sie mit pip installieren, stellen Sie sicher, dass Sie die unten aufgeführten BEDTools- und R-Pakete installieren.

Intervene erfordert die folgenden Python-Module und R-Pakete:

• Python (=> 3.3): https://www.python.org/
• BedTools (Neueste Version): https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Pandas (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
• R-Pakete einschließlich UpSetR (v1.4.0), corrplot

Installieren Sie BEDTools

Wir verwenden pybedtools, einen Python-Wrapper für BEDTools. Daher sollten BEDTools vor der Verwendung von Intervene installiert werden. Es wird empfohlen, eine aktuelle Version zu haben, aber wenn Sie bereits eine ältere Version installiert haben, sollte es in Ordnung sein.

Eine schnelle Installation, wenn Sie Conda installiert haben.

conda install -c bioconda bedtools

Bitte lesen Sie die Anweisungen unter https://github.com/arq5x/bedtools2, um BEDTools zu installieren, und stellen Sie sicher, dass es sich in Ihrem Pfad befindet und Sie bedtools von jedem Verzeichnis aus aufrufen können.

Installieren Sie die erforderlichen R-Pakete

Für Intervene sind drei R-Pakete erforderlich: UpSetR, corrplot zur Visualisierung und Cairo zur Generierung hochwertiger Vektor- und Bitmap-Figuren.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Installieren Sie Intervene von der Quelle

Sie können eine Entwicklungsversion installieren, indem Sie git von GitHub oder Bitbucket verwenden.

Installieren Sie die Entwicklungsversion von Bitbucket

Wenn Sie Git installiert haben, verwenden Sie Folgendes:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Installieren Sie die Entwicklungsversion von GitHub

Wenn Sie Git installiert haben, verwenden Sie Folgendes:

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

So verwenden Sie Intervene

Sobald Sie Intervene installiert haben, können Sie Folgendes eingeben:

intervene --help

Daraufhin wird die folgende Hilfemeldung angezeigt.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

Um die Hilfe für die drei Unterbefehle pairwise , venn und upset anzuzeigen, geben Sie Folgendes ein:

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Führen Sie „Intervenieren“ für Testdaten aus

Um Intervene anhand von Beispieldaten auszuführen, verwenden Sie die folgenden Befehle. Um auf die Testdaten zuzugreifen, stellen Sie sicher, dass Sie über sudo oder root Zugriff verfügen.

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Wenn Sie Intervene lokal aus dem Quellcode installiert haben, kann es sein, dass Sie Probleme beim Auffinden von Testdaten haben. Sie können die Testdaten hier herunterladen https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data und mit -i statt --test darauf verweisen.

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Die oben genannten drei Testbefehle generieren die folgenden drei Figuren (a, b und c).

Standardmäßig werden Ihre Ergebnisse im aktuellen Arbeitsverzeichnis mit einem Ordner namens Intervene_results gespeichert. Wenn Sie die Ergebnisse in einem bestimmten Ordner speichern möchten, können Sie Folgendes eingeben:

 eingreifen upset --test --output ~/path/to/your/folder

Interaktive Shiny-App

Die Intervene Shiny App ist kostenlos verfügbar unter https://asntech.shinyapps.io/intervene oder https://intervene.shinyapps.io/intervene

Der Quellcode für die Shiny-App ist unter https://github.com/asntech/intervene-shiny verfügbar

Unterstützung

Wenn Sie Fragen haben oder einen Fehler im Programm finden, schreiben Sie uns bitte an azez.khan[at]gmail.com

Zitieren Sie uns

Wenn Sie Intervene verwenden, nennen Sie uns bitte: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7