lightdock
0.9.4
LightDock ist ein Protein-Protein-, Protein-Peptid- und Protein-DNA-Docking-Framework, das auf dem Glowworm Swarm Optimization (GSO)-Algorithmus basiert.
Das LightDock-Framework ist äußerst vielseitig und bietet viele Optionen, die von den Benutzern weiterentwickelt und optimiert werden können: Es kann jede benutzerdefinierte Bewertungsfunktion akzeptieren, kann eine lokale, farbverlaufsfreie Minimierung verwenden und die Simulation kann von Anfang an eingeschränkt werden, um sich darauf zu konzentrieren Durch vom Benutzer zugewiesene Interaktionsregionen unterstützt es die Restbeschränkung sowohl bei Rezeptor- als auch bei Ligandenpartnern .
Das LightDock-Protokoll und die Aktualisierungen zur Nutzung von Rückstandsbeschränkungen wurden im Oxford Bioinformatics Journal veröffentlicht. Bitte geben Sie diese Referenzen an, wenn Sie LightDock in Ihrer Forschung verwenden:
LightDock: ein neuer Multiskalen-Ansatz für das Protein-Protein-Docking
Brian Jiménez-García, Jorge Roel-Touris, Miguel Romero-Durana, Miquel Vidal, Daniel Jiménez-González und Juan Fernández-Recio
Bioinformatik , Band 34, Ausgabe 1, 1. Januar 2018, Seiten 49–55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock wird informationsgesteuert
Jorge Roel-Touris, Alexandre MJJ Bonvin, Brian Jiménez-García
Bioinformatik , btz642; doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
Integrative Modellierung membranassoziierter Proteinanordnungen
Jorge Roel-Touris, Brian Jiménez-García und Alexandre MJJ Bonvin
Nat Commun 11 , 6210 (2020); doi: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
Die Lightdock-Software ist kompatibel und wurde mit den folgenden Betriebssystemen getestet:
Microsoft Windows wird nicht offiziell unterstützt, obwohl viele Teile des Protokolls möglicherweise ausgeführt werden können. Bitte nutzen Sie es auf eigene Gefahr. Wenn Sie beim Testen und Entwickeln von LightDock für Windows mithelfen möchten, kontaktieren Sie uns bitte.
LightDock hat die folgenden Abhängigkeiten:
Optionale Abhängigkeiten sind:
Der schnellste Weg, LightDock zu installieren, ist die Verwendung pip :
pip install lightdockFür die Entwicklung und Erweiterung des LightDock-Codes befolgen Sie bitte diese Anweisungen:
Klonen Sie dieses Repository:
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.gitBitte stellen Sie sicher, dass Abhängigkeiten bereits installiert sind (über PIP, Paketmanager usw.):
Es wird empfohlen, eine virtuelle Umgebung zu erstellen und zu installieren:
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .Wenn Sie nicht pip oder setuptools für die Entwicklung verwenden, gibt es ein Bash-Skript zum Kompilieren aller Erweiterungen:
cd lightdock
./setup.sh Fügen Sie die folgenden Zeilen zu Ihrer ~/.bashrc Datei hinzu. Vergessen Sie nicht /path/to/lightdock zu ändern:
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOMEVergessen Sie nicht, die Änderungen zu übernehmen:
source ~ /.bashrcSie können LightDock-Tests ausführen:
cd lightdock
nosetestsDie vollständige Dokumentation zur Ausführung des LightDock-Protokolls sowie mehrere Tutorials und Anwendungsfälle finden Sie unter https://lightdock.org/tutorials.
LightDock wird aktiv weiterentwickelt und es können Probleme auftreten oder Sie benötigen möglicherweise zusätzliche Hilfe beim Ausführen von LightDock. In diesen Fällen gibt es im Wesentlichen zwei Möglichkeiten, Hilfe zu erhalten:
LightDock ist unter der GPLv3-Lizenz verfügbar. Weitere Einzelheiten finden Sie im LIZENZdokument.
