kma

Halten Sie mich in der Nähe ( kma ): Intron -Retention -Erkennung

kma ist ein R -Paket, das die Schätzung und Erkennung von Intron -Retention unter Verwendung biologischer Replikate und Resampling durchführt. Der aktualisierte Code kann immer unter https://github.com/pachterlab/kma gefunden werden

Installation

Stellen Sie zunächst sicher, dass Sie über die erforderlichen Pakete verfügen:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Sie können das Paket dann mit devtools installieren:

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

Angenommen, alles geht gut, laden Sie kma :

 library("kma")

Tutorial

Nach der Installation finden Sie die Vignette in R:

 vignette("kma")

Fehler und Feature -Anfragen

Bitte stellen Sie diese auf GitHub ein.

Zukünftige Arbeit

• Zusätzliche Explorationsanalyse -Plottools
• Bieten Sie eine differentielle Analyse der Intron -Verwendung zwischen experimentellen Bedingungen an
  • Wir haben derzeit einige Ideen dazu und werden es wahrscheinlich bald implementieren
• Bieten Sie eine Zeitreihenanalyse an

Autoren

Software wurde von Harold Pimentel entwickelt. Methoden wurden mit Lior Pachter und John Conboy entwickelt.

Verwandte Open Source -Tools

Im Folgenden finden Sie eine Liste verwandter Tools und wie sie sich von kma unterscheiden.

Dexseq

DexSeq ist an Differentialverbrauch in den genannten Regionen interessiert. Infolgedessen wird nicht bestimmt, ob ein Intron "verwendet" wird (relativ zum Transript -Expression), einfach, dass es "unterschiedlich verwendet" wird.

Miso

Miso kann den intronischen prozentualen Spleiigen (PSI) berechnen, obwohl es derzeit eine modifizierte Annotation von ihrer Website benötigt. kma kann derzeit mit jeder Anmerkung arbeiten, da die Annotation während des Vorverarbeitungsschritts verarbeitet wird. Außerdem bietet MISO derzeit kein integriertes Support für Replikate.