dimple
1.0.0
Makromolekulare Kristallographie -Pipeline zur Verfeinerung und Liganden -Screening.
Dimple ist Teil der CCP4 -Suite. Alle Arbeiten erfolgen durch andere Programme aus der Suite, die darunter geführt werden. Am wichtigsten ist, dass Refmac und Phaser . Sie müssen also CCP4 installieren lassen.
Um die neueste Entwicklungsversion zu testen, klonen Sie dieses Repository und rennen Sie ./dimple/dimple .
Dimple kommt mit einem kleinen find-blobs Dienstprogramm. Wenn Sie es nicht kompilieren, wird die Version der CCP4 -Suite verwendet. Die Kompilierung erfordert die Clipper -Bibliothek, die wiederum MMDB2 und LIBCCP4 erfordert. Sie können entweder alles aus Quelle erstellen oder Conda zum Herunterladen von Binärdateien verwenden, die mit GCC 4.8 zusammengestellt wurden. Letzteres kann durch Installieren von Miniconda und Tun:
conda install -c mw clipper
Als Erstellen von Fundblobs, die zeigen, wo sich die erforderlichen Bibliotheken befinden:
export CXXFLAGS="-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 -std=c++98" # for GCC 5
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/miniconda2 .
make
Keine Notwendigkeit für die Installation - Das Binäranlagen landete im selben Verzeichnis wie die Python -Skripte und der Dimple werden von hier aus den Vorlieben von $CCP4/bin bevorzugt.
Wenn es nicht funktioniert, siehe die Kontaktmethoden unten.
Alle Gedanken, Kommentare oder Feedback sind willkommen. Wenn es nicht wie erwartet funktioniert oder überhaupt nicht funktioniert, lassen Sie es uns so schnell wie möglich wissen. Verwenden Sie den Ausgabe -Tracker oder senden Sie eine E -Mail an CCP4 Helpdesk oder senden Sie eine E -Mail an [email protected] oder.
Hergestellt in Diamond Light Source und in CCP4-Harwell.
