bsub

Einsender und Monitor des LSF -Clusters

Es sendet R -Code/R -Skripte/Shell -Befehle an LSF -Cluster, ohne R. zu verlassen

Installieren

Direkt von Cran:

install.packages( " bsub " )

Oder aus GitHub:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Dokumentation

Die Online -Dokumentation finden Sie unter https://jokergoo.github.io/bsub/.

Jobs einreichen

Direkt R Chunk einreichen:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Senden Sie ein R -Skript:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Shell -Befehle senden:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Jobs töten:

bkill( job_id )

Jobabhängigkeiten

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Stelleninformationen anzeigen

Stellenzusammenfassungen anzeigen:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Ein Beispiel für die Stellenabfragen ist wie folgt:

Jobprotokoll anzeigen:

job_log( job_id )

Interaktiver Jobmonitor

monitor()

Die Auftragszusammenfassungstabelle:

Jobprotokoll:

Jobabhängigkeitsdiagramm:

Lizenz

MIT @ Zuguang Gu