transmart core api

Transmart Core API ist eine Bibliothek mit groovigen Schnittstellen, die die Wechselwirkungen und Aufrufe zwischen den verschiedenen Komponenten von Transmart definieren.

Klinische Daten -API

I2B2-basiertes Query-Tool

Um die Kommunikation mit i2b2- und i2b2-ähnlichen klinischen Datenressourcen zu erleichtern, werden zwei APIs definiert, die der Designphilosophie hinter I2B2 folgen und dem I2B2 Ontology Management (ONT) und Data Repository (CRC) RESTful-APIs ähneln.

Klinische Daten Ontologie -API

Es wird eine Konzeptzezeit definiert, die durch klinische Datenquellen implementiert werden kann, um Ontologiebäume mit Konzepten freizulegen. Weitere Hintergrundinformationen finden Sie in der I2B2 ONT -Messaging -Dokumentation. Es werden nur wenige Anrufe definiert, die zufällig in der Legacy Transmart -Codebasis verwendet werden.

Klinische Datenabfrage -API

Eine Abfrageberechnung ist definiert, die durch klinische Datenquellen als Mittel zur Abfrage klinischer Daten ausgesetzt werden kann. Diese Ressource enthält Methoden zum Ausführen von Abfragen und zum Abholen von Abfrageberichten. Die API ist nach der I2B2 CRC -Abfrage -Nachrichten -API modelliert.

Hochdimensionale Daten -API

Hohe dimensionale Abfrage -API

Eine DataQueryResource wird definiert, die durch hochdimensionale Datenquellen ausgesetzt werden kann, um die Abfragung hochdimensionaler Daten zu ermöglichen. Es wird ein allgemeines DataQueryResult definiert, der für bestimmte Datentypen erweitert werden kann. Im Moment werden alle Omics -Datentypen (in bestimmten Paketen) sowie mögliche Abfragen im Kern -API -Projekt definiert. Um allgemeine Abfragebeschränkungen (z. B. für Themen oder Zeitpunkte) zu modellieren, wird eine CommonHighDimensionalQueryconstraints -Klasse definiert, die in bestimmte Einschränkungsklassen eingebettet werden kann.