SIQ

Siq

Die Befragung und Qualifikation für die Sequenz besteht darin, eine Analyse zu gezielten Sequenzierungsdaten durchzuführen. SIQ erstellt ein Mutationsprofil, das mit SIQPlotter interaktiv visualisiert werden kann. Es ist in Java geschrieben, damit jeder mit einem Computer dieses Programm verwenden kann, um seine Sequenzen zu analysieren. Wir haben dieses Tool für jeden ohne Hintergrund in Informatik entwickelt und implementiert, um NGS -Daten analysieren zu können.

Für einen detaillierten Benutzerhandbuch können Sie bitte herunterladen und lesen:

Benutzerhandbuch

Außerdem können Sie die Video -Turials ansehen, die wir für Sie gemacht haben, um es einfach zu machen, SIQ zu betreiben:

Video -Tutorials

Wenn Sie alle Videos angesehen haben, den gesamten Benutzerhandbuch gelesen haben und weiterhin Probleme beim Ausführen von SIQ oder beim Analysieren Ihrer Daten haben, machen Sie hier ein Problem oder geben Sie uns eine E-Mail an. Siehe SIQ -Papier für Kontaktdaten.

Für diejenigen, die dem Readme lieber weiter folgen, haben wir unten eine kurze Benutzerhandbuch beigefügt:

Inhalt

• Installation
• SIQ laufen
• Daten mit SiQPlotter analysieren
• Fehlerbehebung
• Video -Tutorials

Installation

• Laden Sie hier die neueste Java .jar -Datei mit SIQ herunter

Laden Sie die neueste .jar -Datei von diesem Repository herunter. Sie können doppelt klicken und es sollte direkt funktionieren. Das einzige, was Sie benötigen, ist eine funktionierende Java -Version (1.8 und Up). Bitte stellen Sie sicher, dass eine 64-Bit -Version von Java installiert wird. Laden Sie Java hier herunter und installieren Sie sie

Hinweis: Die meisten Betriebssysteme wie MacOS und Windows misstrauen jede Datei, die aus dem Internet stammt. Für macOS halten Sie bitte "Steuer" + Klicken Sie auf die JAR -Datei, um sie zu öffnen. Diese Benachrichtigung erscheint erst zum ersten Mal.

SIQ laufen

Wenn SIQ gestartet wird, sollten Sie den folgenden Bildschirm sehen:

SIQ kann verwendet werden, um die folgende Art von Daten zu analysieren:

• Sanger -Sequenzen (.ab1 -Dateien) ( Hinweis: Nur Sanger -Sequenzen, die eine einzelne Mutation enthalten, können analysiert werden )
• Illumina Single- und Paired-End-Sequenzdaten (.fastq oder .fastq.gz-Dateien)
• Pacbio -Daten (.fastq oder .fastq.gz Dateien)
• ONT-Daten (.fastq oder .fastq.gz-Dateien) Hinweis: Überprüfen Sie die Option 'Aktivieren Sie die Long-Read-Analyse (Pacbio/ONT) ".

Bei der Einrichtung Ihrer gezielten Sequenzierungsexperimente verwenden Sie im Allgemeinen zwei Primer, um Ihren interessierenden Ort zu verstärken. Darüber hinaus haben Sie (optional) Zielstellen für Ihre Experimente erwartet. Dies ist beispielsweise der Fall, wenn Sie CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI oder ein anderes Enzym verwenden, um die DNA zu zielen. Wir haben auch SIQ verwendet, um verschiedene Stellen zu analysieren, z. B. Transposonstellen, Stellen von G-Quadruplex-Sequenzen. SIQ verwendet diese Stellen, um 1) zu versuchen, Sequenzänderungen vorzugsweise an diesem Ort zu identifizieren. 2) Um sicherzustellen, dass Ihre PCR -Primer vom erwarteten Ort verstärkt werden (siehe Filter unten).

SIQ hat die Möglichkeiten für die folgenden Eingabe:

• R1 - Sequenzierungsdatei (erforderlich)
• R2 - gepaarte Endsequenzierungsdatei. Wenn SIQ zur Verfügung gestellt wird, verschmelzen R1 und R2 mit Flash (optional)
• Referenz - Referenzdatei, die Ihre DNA -Sequenz im Fasta -Format enthält. Muss auch die Primersequenzen enthalten, wenn sie geliefert werden. Halten Sie die Referenzdatei klein, da dies die Laufzeit von SIQ bestimmt (erforderlich)
• Alias ​​- Ihr Beispielname (erforderlich)
• Linke Flanke - Die DNA -Strecke, die nur Ihre erwartete Zielstelle berührt. Weiter unten finden Sie ein grafisches Beispiel (erfordert (erforderliche Flanken).
• Rechte Flanke - Der DNA -Abschnitt, der nur Ihre erwartete Zielstelle berührt. Eine grafische Beispiele finden Sie unten. Im Fall von Cas9 -Nickasen kann dies die zweite SGRNA -Zielstelle bezeichnen (erforderlich)
• #Basen Past Primer - Die Anzahl der Basen, die Ihre Sequenz lautet, muss zumindest den Primer übergeben, um als echtes Ereignis aufgenommen zu werden. Dieser Filter ist da, um sicherzustellen, dass Ihre Primer an der Zielstelle in der DNA geglüht sind (Standard: 5, 0 deaktiviert diesen Filter).

Optionale Einstellungen:

• Max Reads zur Analyse - die maximale Anzahl von Lesevorgängen, die SIQ pro Probe analysieren sollen (0 ist unbegrenzt)
• MIN Support - Die Mindestnummer, die ein Ereignis als Teil der SIQ -Ausgabe ist (Standardeinstellung: 2)
• MAX -Basisfehler - Der Maximum pro Basisfehler, der in einer Read analysiert werden kann (Standard: 0,05)
• Max CPUs - Die maximale Anzahl von CPUs SIQ kann zu einem bestimmten Zeitpunkt verwendet werden. Beachten Sie, dass SIQ maximal 1 CPU pro Datei verwendet (Standard: Alle)
• TINS -Suchentfernung - die Entfernung relativ zum Ereignisübergang, der in den Suchraum aufgenommen werden soll, um nach dem Ursprung von Insertionen zu suchen. A Dosen ist eine Vorlageninsertion (Standard: 100)

Siqplotter

Wenn SIQ mit der Analyse Ihrer Proben abgeschlossen ist, führt dies zu einer Excel -Datei. Diese Excel -Datei kann von SiQPlotter hochgeladen und direkt visualisiert werden

Hochladen auf siqplotter

Weitere Informationen zur Verwendung von SIQPlotter finden Sie im Benutzerhandbuch oder in den Video -Tutorials.

Fehlerbehebung

SIQ beginnt nicht

Das Problem ist wahrscheinlich, dass Sie (die richtige Version von) Java nicht installiert haben. Stellen Sie sicher, dass Sie die neueste Java -Version herunterladen und installieren:

Java herunterladen

SIQ beginnt immer noch nicht

Starten Sie SIQ innerhalb eines Terminals (Eingabeaufforderung in Windows):

1. Starten Sie ein Terminal
2. Gehen Sie zum Verzeichnis, in dem sich die SIQ JAR -Datei befindet (z. B. Downloads): cd Downloads
3. START SIQ (In diesem Beispiel ist die Datei siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Stellen Sie die Ausgabe als Problem ab.

SIQ funktioniert nicht auf Dateien

Das für Ihr Betriebssystem benötigte Programmblitz scheint nicht zu funktionieren. Beim Starten von SIQ wird Flash in das Verzeichnis, in dem SIQ ausgeführt wird, kopiert. Möglicherweise funktioniert das Programm nicht für Ihr Betriebssystem. Bitte überprüfen Sie die Ausgabe der folgenden Kommandos, um festzustellen, ob Flash funktioniert

1. Starten Sie ein Terminal
2. Gehen Sie zum Verzeichnis, in dem sich die SIQ JAR -Datei befindet (z. B. Downloads): cd Downloads
3. Führen Sie Flash so aus (Linux/macOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Wenn die Ausgabe unterschiedlich ist, veröffentlichen Sie die Ausgabe als Problem. Weitere Optionen finden Sie im Benutzerhandbuch

Video -Tutorials

Video 1. Download & Installieren von SIQ

Video 2. Ausführen von SIQ auf Ihren Daten

Video 3. Ausführen von SIQ mit einer HDR -Referenz zum Erkennen von Änderungen

Video 4. Erweiterte SIQ -Optionen

Video 5. Daten mit SIQPlotter analysieren