ViMO

Vimo

Visualizer for Meta-AMICS (VIMO) ist eine interaktive auf R-Shiny basierende Anwendung, um die Datenintegration zwischen Metagenomik, Metatranskriptomik und Metaproteomik zu erleichtern. Gleichzeitig soll VIMO dem Benutzer interaktive, publikationsbereite und relevante grafische Darstellungen der Daten zur Verfügung stellen.

Vimo kann hier online zugegriffen werden:
https://magnusarnten.hinyapps.io/visualizerFormetaomics/

Vimo integrieren Daten von

• Metagenomik
• Metatranskriptomik
• Metaproteomik
• Taxonomie
• Qualitätsmaßnahmen
• KEGG -Funktionen und Modulvervollständigung
• Kohlenhydrataktive Enzyme (Cazyme)

Vimo macht Handlungen von:

• MAG -Qualität
• MAGS -Fülle in verschiedenen Dateien
• Cazymekategorien in verschiedenen Magazinen und ihre Überstände auf Transkript- und Proteinebene
• KEGG-Kategorien in verschiedenen Magazinen und ihre Überstände auf Transkript- und Proteinebene
• KEGG -Modul -Abschlussfraktionen, um das Stoffwechselpotential für jedes Magazin zu sehen

Ein Beispielausgang:

Fehlerberichte

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