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Gehirnwegen

Was ist Gehirnwegen?

Brainways ist ein auf KI basierendes Werkzeug für automatisierte Registrierung, Quantifizierung und Erzeugung von Gehirnweiten-Aktivitätsnetzwerken, die auf der Fluoreszenz in koronalen Scheiben basieren.

Gehirnwegen UI

Warum Gehirnwegen?

Die Registrierung der Koronalen Scheiben, die Zellquantifizierung und die Kontrastanalyse des Ganzhirns zwischen experimentellen Bedingungen sollte von einer einzelnen Software leicht zugänglich gemacht werden, ohne dass Programmiererfahrung erforderlich ist. Die Anpassung sollte durch ein hoch flexibles pythonisches Backend zur Verfügung gestellt werden.

Erste Schritte

Um Gehirnwegen zu installieren und zu laufen, führen Sie Folgendes in Ihrer Python -Umgebung aus:

pip install brainways
brainways ui

Folgen Sie unserem Anleitungsleitfaden für weitere Details.

Wie es funktioniert

Mit Brainways können Benutzer die statistische Kontrastanalyse registrieren, quantifizieren und bereitstellen, indem Sie mehrere einfache Schritte befolgen:

Strenge Registrierung von koronalen Scheiben an einen 3D -Atlas.
Nicht-Rigid-Registrierung von koronalen Scheiben an einen 3D-Atlas, um individuelle Differenz und Unvollkommenheiten im Erwerbsverfahren zu berücksichtigen.
Zellerkennung (unter Verwendung von Stardisten).
Quantifizierung der Zellzahlen pro Gehirnregion.
Statistische Analyse:
- ANOVA -Kontrastanalyse.
- PLS -Analyse (teilweise am wenigsten quadratisch).
- Erstellung von Netzwerkdiagrammen.

Architektur

Brainways wird als drei Module implementiert. brainways.ui enthält die GUI -Implementierung als Napari -Plugin. brainways.ui nutzt brainways als Backend. Die gesamte Funktionalität wird im Gehirnpaket implementiert. Diese Trennung wurde durchgeführt, um zu garantieren, dass Brainways eine Gui-agnostische Software ist und über Python-Code vollständig zugegriffen und manipuliert werden kann, um benutzerdefinierte komplexe Nutzungsszenarien zu ermöglichen. Der Code, mit dem das automatische Registrierungsmodell trainiert, bewertet und ausgeführt wurde, befindet sich in brainways-reg-model .

Entwicklungsstatus

Brainways wird von Ben Kantor von Bartal Lab der Universität Tel Aviv, Israel, aktiv entwickelt. Unsere Veröffentlichungen finden Sie hier.

Zitat

Wenn Sie Gehirnwegen verwenden, zitieren Sie Kantor und Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}