Auf dem iPhone 6 läuft das iOS 8-System, während das Apple 6s mit dem iOS 9-System ausgestattet ist. Im Vergleich zu iOS 8 hat sich iOS 9 hinsichtlich Leistungsoptimierung, Sicherheitsverbesserung und neuen Funktionen verbessert. Beispielsweise führt iOS 9 neue Funktionen wie eine verbesserte Spotlight-Suche, eine Nachrichtenanwendung und einen Energiesparmodus ein.
Durch den Einsatz des A9-Chips im Apple 6s wurde die Verarbeitungsgeschwindigkeit im Vergleich zum A8-Chip im Apple 6 deutlich verbessert, was die Ausführung großer Anwendungen oder Spiele flüssiger macht. Gleichzeitig unterstützt das Apple 6s modernere Anwendungsfunktionen wie 3D-Touch-Funktionen, was den Benutzern interaktivere Methoden und schnelle Bedienmöglichkeiten bietet.
Obwohl die Rückkameras von iPhone 6 und iPhone 6s beide über 12 Millionen Pixel verfügen, wurde das Apple 6s in Bezug auf Videoaufzeichnungsqualität, Leistung in Umgebungen mit wenig Licht und Bildverarbeitungsalgorithmen verbessert. Das iPhone 6s unterstützt 4K-Videoaufnahmen, während das iPhone 6 auf 1080p HD-Videos beschränkt ist. Darüber hinaus erhöht die Live-Fotos-Funktion des Apple 6s auch den Spaß und die Interaktivität beim Fotografieren.
Obwohl das Apple 6s in Sachen Hardware aufgewertet wurde, wurde die Akkukapazität aufgrund eines leistungsstärkeren Prozessors und eines höher auflösenden Bildschirms nicht wesentlich erhöht. Daher kann die Akkulaufzeit des Apple 6s im täglichen Gebrauch etwas schlechter sein als die des Apple 6. Allerdings unterstützt das Apple 6s eine schnellere Ladetechnologie, wodurch die Ladewartezeit verkürzt werden kann.
Das Apple 6s wurde auch in puncto Sicherheit verbessert, beispielsweise durch die Hinzufügung der Touch-ID-Fingerabdruckerkennungsfunktion (sofern das Gerät mit dieser Funktion ausgestattet ist). Apple 6 unterstützt auch Touch ID, aber im Hinblick auf einige neuere Sicherheitsfunktionen und Verschlüsselungstechnologien hat Apple 6s gewisse Vorteile.