nextflow
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Henri E. Bal, Jennifer G. Steiner, Andrew S. Tanenbaum
Nextflow es un sistema de flujo de trabajo para crear flujos de trabajo escalables, portátiles y reproducibles. Se basa en el modelo de programación de flujo de datos, que simplifica enormemente la escritura de canalizaciones paralelas y distribuidas, lo que le permite centrarse en el flujo de datos y la computación. Nextflow puede implementar flujos de trabajo en una variedad de plataformas de ejecución, incluida su máquina local, programadores HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch y Kubernetes. Además, admite muchas formas de administrar sus dependencias de software, incluidas Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity y más.
Instale Nextflow con un solo comando:
curl -fsSL https://get.nextflow.io | intento
Crea el archivo ejecutable nextflow en el directorio actual. Luego puedes moverlo a un directorio en tu $PATH para ejecutarlo desde cualquier lugar.
Nextflow también se puede instalar desde Bioconda:
instalación de conda -c bioconda nextflow
La documentación de Nextflow está disponible para las últimas versiones estables y perimetrales.
Puede publicar preguntas y obtener ayuda en el foro de la comunidad de Nextflow o en Nextflow Slack. Los errores y las solicitudes de funciones deben informarse como problemas de GitHub.
La comunidad de Nextflow es muy activa con reuniones comunitarias periódicas, eventos, un podcast y más. Puede ver gran parte de este material en los canales de YouTube de Nextflow y nf-core.
El proyecto nf-core es un esfuerzo comunitario que agrega flujos de trabajo Nextflow de alta calidad que todos pueden utilizar.
Las contribuciones son más que bienvenidas. Consulte el archivo CONTRIBUTING para obtener más detalles.
Nextflow se lanza bajo la licencia Apache 2.0. Nextflow es una marca registrada.
Si utiliza Nextflow en su trabajo, cite:
P. Di Tommaso, et al. Nextflow permite flujos de trabajo computacionales reproducibles. Biotecnología de la naturaleza 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow se basa en dos *grandes* proyectos de software de código abierto, Groovy y GPars.
YourKit apoya amablemente a Nextflow con su Java Profiler con todas las funciones.
