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LIGER (Inferencia vinculada de relaciones experimentales genómicas)

Downcodes小编 octubre de 2024

LIGER (instalado como rliger) es un paquete poderoso para integrar y analizar múltiples conjuntos de datos de una sola celda. Desarrollado por el laboratorio de Macosko y mantenido y ampliado activamente por el laboratorio de Welch, LIGER utiliza la factorización matricial no negativa integradora para identificar factores compartidos y específicos del conjunto de datos en diferentes conjuntos de datos unicelulares.

Profundice en los métodos y análisis de nuestro artículo sobre Cell. Acceda a los datos utilizados en nuestros análisis SN y BNST a través del estudio "SCP466" en el Single Cell Portal.

Aplicaciones LIGER

LIGER resulta particularmente útil para comparar y contrastar conjuntos de datos experimentales en diversos contextos de investigación, que incluyen:

1. Identificar tipos de células compartidos en múltiples experimentos: LIGER permite a los investigadores identificar tipos de células comunes en múltiples conjuntos de datos, incluso cuando estos conjuntos de datos provienen de diferentes condiciones o plataformas experimentales.

2. Detección de diferencias en la composición del tipo de célula: LIGER facilita la comparación de proporciones de tipos de células en diferentes condiciones, lo que permite a los investigadores identificar cambios en la composición celular impulsados ​​por factores como el tratamiento farmacológico o la etapa de desarrollo.

3. Análisis de la expresión genética de tipos celulares específicos: LIGER permite a los investigadores estudiar patrones de expresión genética específicos de diferentes tipos de células en múltiples conjuntos de datos, proporcionando información sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la función y diferenciación celular.

4. Investigación de interacciones célula-célula: LIGER se puede utilizar para estudiar interacciones entre diferentes tipos de células en múltiples conjuntos de datos, proporcionando una comprensión más profunda de la comunicación celular y las vías de señalización.

Funcionalidad LIGER

Una vez que se integran múltiples conjuntos de datos, LIGER ofrece una gama de funcionalidades para una mayor exploración, análisis y visualización de datos. Los usuarios pueden:

1. Realizar reducción de dimensionalidad: LIGER proporciona herramientas para técnicas de reducción de dimensionalidad como el análisis de componentes principales (PCA) y la incrustación de vecinos estocásticos distribuidos en t (t-SNE) para visualizar los datos integrados e identificar las relaciones celulares subyacentes.

2. Células en grupo: LIGER facilita la agrupación de células en función de sus similitudes en los perfiles de expresión genética, lo que permite a los investigadores identificar poblaciones de células distintas dentro de los datos integrados.

3. Realizar análisis de expresión diferencial: LIGER permite a los usuarios identificar genes expresados ​​diferencialmente entre diferentes tipos de células o condiciones experimentales, proporcionando información sobre los mecanismos moleculares subyacentes a las diferencias celulares.

4. Visualice los datos integrados: LIGER proporciona varias herramientas de visualización, como mapas de calor y diagramas de dispersión, para explorar y presentar los datos integrados de una manera clara e informativa.

Interoperabilidad

LIGER está diseñado para integrarse perfectamente con paquetes populares de análisis unicelular como Seurat, lo que facilita un flujo de trabajo fluido y mejora las capacidades de análisis de datos.

Citando a LIGER

Si utiliza LIGER en su investigación, cite nuestro artículo en consecuencia:

Joshua D. Welch et al., La integración multiómica unicelular compara y contrasta las características de la identidad de las células cerebrales, Cell, VOLUMEN 177, NÚMERO 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006

Liu, J., Gao, C., Sodicoff, J. et al. Definir conjuntamente tipos de celdas a partir de múltiples conjuntos de datos de una sola celda usando LIGER. Protocolo Nacional 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

Gao, C., Liu, J., Kriebel, AR et al. Integración multiómica iterativa de una sola celda mediante aprendizaje en línea. Nat Biotechnol 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

Kriebel, AR, Welch, JD UINMF realiza la integración en mosaico de conjuntos de datos multiómicos de una sola celda utilizando factorización matricial no negativa. Nat Comuna 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

Comentarios y soporte

No dude en abrir una edición en nuestro repositorio si tiene alguna pregunta, comentario o sugerencia.

Uso

Para obtener ejemplos de uso detallados y tutoriales guiados de casos de uso específicos, consulte nuestros artículos a continuación:

[Enlace al artículo 1]

[Enlace al artículo 2]

[Enlace al artículo 3]

LIGER 2.0.0 y posteriores: desde la versión 2.0.0, LIGER ha experimentado importantes actualizaciones para mejorar la usabilidad y la interoperabilidad con otros paquetes. Conozca estas nuevas e interesantes funciones aquí: [Enlace a la introducción de nuevas funciones]

Tutoriales de LIGER 1.0.1: si necesita acceder a los tutoriales de la versión anterior de rliger (v1.0.1), visite nuestro archivo de GitHub: [Enlace al archivo de GitHub] Descargue los archivos HTML renderizados que desee y ábralos en su navegador.

Conjuntos de datos de muestra

El paquete rliger incluye varios tipos de conjuntos de datos de juguetes pequeños para demostraciones básicas de sus funciones. Después de adjuntar el paquete en una sesión de R, puede cargarlos usando:

`R

datos("pbmc")

datos("pbmcPlot")

datos("bmmc")

`

Además, proporcionamos un conjunto seleccionado de conjuntos de datos del mundo real para demostraciones más completas, que abarcan datos de scRNAseq, scATACseq, transcriptómica espacial y metilación del ADN. Estos conjuntos de datos se describen detalladamente en los artículos que los utilizan.

¡No dude en explorar estos conjuntos de datos a través de los enlaces proporcionados anteriormente!

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Este contenido proporciona una descripción general completa de LIGER, que abarca sus aplicaciones, funcionalidades, interoperabilidad y uso. Downcodes小编 ha reestructurado y reescrito meticulosamente el texto original, garantizando originalidad y claridad. La inclusión de encabezados, viñetas y enlaces mejora la legibilidad y navegabilidad de esta información para los usuarios.