músculo
Version 5.2 with support for protein structure alignment
Muscle es un software ampliamente utilizado para realizar múltiples alineamientos de secuencias biológicas.
Muscle logra las puntuaciones más altas en las pruebas comparativas de Balibase, Bralibase y Balifam y escala a miles de secuencias o estructuras en una computadora de escritorio básica.
Soportes musculares que generan un conjunto de alineaciones alternativas con la misma alta precisión obtenida con los parámetros predeterminados. Al comparar predicciones posteriores de diferentes alineamientos, como árboles, un biólogo puede evaluar la solidez de las conclusiones frente a la variación de alineamiento causada por ambigüedades y errores.
Se admite la alineación de la estructura ("Muscle-3D"), así como la alineación de la secuencia de aminoácidos convencional. La entrada para la alineación de la estructura es un archivo "mega" generado por el comando pdb2mega de reseek (https://github.com/rcedgar/reseek).
# para hasta ~100 estructuras buscar -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega músculo -align structs.mega -output structs.afa # para hasta ~10,000 estructuras buscar -convertir ESTRUCTURAS -bca structs.bca buscar -pdb2mega structs.bca -output structs.mega buscar -distmx structs.bca -output structs.distmx músculo -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa
Los archivos binarios son autónomos, no dependen de ellos. Para instalar, descargue el binario y asegúrese de que el bit de ejecución esté configurado.
https://github.com/rcedgar/muscle/releases
Página de inicio de Muscle v5
Manual
https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE
Edgar RC., Muscle5: Los conjuntos de alineación de alta precisión permiten evaluaciones imparciales de homología y filogenia de secuencias. Comunicaciones de la naturaleza 13.1 (2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf
Édgar RC. y Tolstoy I., Muscle-3D: alineación escalable de estructuras de proteínas múltiples (2024) BioRxiv .
