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La versión china en (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: un canal fácil de usar, de código abierto, reproducible y basado en la comunidad para el análisis de datos de amplicones en la investigación de microbiomas

Versión: v1.21

Actualización: 2024/08/05

Manual de canalización y descripción del archivo.

Usando RStudio para abrir el pipeline disponible en chino (pipeline.sh) e inglés (pipeline_en.sh)

Descripción de archivos:

Readme.md # Introducción e instalación
pipeline.sh # Análisis de línea de comandos para Windows y Linux (disponible en chino e inglés)
pipeline_mac.sh # Análisis de línea de comandos para MacOS
resultado/ # Datos de resultado de ejemplo
result/Diversity.Rmd # Análisis de diversidad interactivo en R y salida de informe reproducible en formato HTML

¿Qué podemos hacer?

Análisis y visualización de datos del microbioma, especialmente para el amplicón de ADNr 16S;
De datos sin procesar a tablas de características;
Admite más de 20 métodos de análisis y visualización lista para publicar;
Termine su proyecto en su computadora portátil en poco tiempo (aproximadamente 3 horas);
Manual de materiales de apoyo y vídeos en chino/inglés.

Figura 1. La canalización de EasyAmplicon para analizar secuencias de amplicones de extremos emparejados.

Figura 2. Ejemplos de visualizaciones con calidad de publicación.

Figura 3. Ejemplos complementarios de visualizaciones con calidad de publicación a la Figura 2.

Figura 4. Visualizaciones generadas por software de terceros utilizando los archivos intermedios de EasyAmplicon.

Instalar

Instalar dependencia

Todas las copias de seguridad del software se pueden encontrar en

FTP: Filezilla visita FTP download.nmdc.cn de forma anónima. En el directorio de herramientas, puede encontrar todo el software y los paquetes en amplicon y los diferentes sistemas que admiten Mac, Win.
Disco de red Baidu: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Instale el software dependiente según su sistema (Win/Mac/Linux).

Se recomienda R 4.xx para ejecutar scripts R https://www.r-project.org/. También se recomienda instalar Rtools para los paquetes de código fuente.
RStudio 2023.xx.x es un entorno de desarrollo integrado para R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
SELLO v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
Git para Windows 2.xx.x (solo Windows) http://gitforwindows.org/
Instalación rápida de paquetes R.

Las estadísticas y la visualización pueden requerir > 500 paquetes R. La instalación lleva mucho tiempo y también puede depender de otras herramientas de compilación. Puede descargar todos los paquetes R necesarios en https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip o db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip, luego descomprímalo y tome el carpeta 4.x en C:Usuarios[$Nombre de usuario]AppDataLocalRwin-library

Instalar EasyAmplicon

Método 1. Visite la página de inicio de GitHub, Código - Descargar
Tubería EasyAmplicon (control positivo) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon
EasyMicrobiome incluye scripts y bases de datos https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

Descargue el proyecto en C: o D: luego descomprímalo (mantenga el nombre del directorio exactamente el nombre del software)

Método 2. Descarga desde el sitio espejo en BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz o EasyMicrobiome.tar.gz
Método 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon y git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Nota: fatal: unable to access puedo volver a intentarlo.

Inicio rápido

Usando Windows 10+ como ejemplo:

Abra RStudio y configure la terminal como Git Bash (Herramientas - Opciones globales - Terminal - Nuevas terminales - Git Bash - OK)
Archivo - Abrir archivo - Carpeta EasyAmplicon - pipeline.sh (windows/linux) o pipeline_mac.sh (mac)
Configure el work directory (wd) y EasyMicrobiome directory (db), luego ejecute cada línea haciendo clic en ejecutar en la esquina superior derecha

Conjunto de datos de ejemplo

seq/ # secuenciación sin formato en formato fastq comprimido, la copia de seguridad se puede descargar mediante metadatos de GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
resultado/# Datos y cifras de ejemplo para canalización estándar, como alfa, beta, impuestos
avanzado/# Ejemplo de análisis avanzado, datos incluidos, scripts y cifras de salida

Preguntas frecuentes

Preguntas frecuentes en pipeline.sh

Nota: Todo el script .sh está escrito en formato Markdown, usando Youdao Note o VSCode para una mejor experiencia de lectura.

Citación

Si utiliza este script, cite:

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon: un canal fácil de usar, de código abierto, reproducible y basado en la comunidad para el análisis de datos de amplicones en la investigación de microbiomas. iMeta 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

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