Bienvenido a elastix: una caja de herramientas para el registro rígido y no rígido de imágenes.
elastix es un software de código abierto, basado en el conocido Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). El software consta de una colección de algoritmos que se utilizan comúnmente para realizar el registro de imágenes (médicas): la tarea de encontrar una transformación espacial, mapeando una imagen (la imagen fija ) a otra (la imagen en movimiento ), optimizando las métricas de similitud de imágenes relevantes. . El diseño modular de elastix permite al usuario configurar, probar y comparar rápidamente diferentes métodos de registro para una aplicación específica. Una interfaz de línea de comandos permite el procesamiento automatizado de grandes cantidades de conjuntos de datos mediante secuencias de comandos. Hoy en día, elastix está acompañado por ITKElastix que lo hace disponible en Python (en Pypi) y por SimpleElastix, que lo hace disponible en lenguajes como C++, Python, Java, R, Ruby, C# y Lua. También está disponible una imagen de Docker de la última versión de elastix en Dockerhub. Existen varios complementos para aquellos que desean utilizar la funcionalidad de elastix en una interfaz gráfica de usuario, entre otros un complemento napari y 3Dslicer.
Los principales desarrolladores de elastix son Stefan Klein y Marius Staring. Este software fue desarrollado inicialmente en el Image Sciences Institute, bajo la supervisión de Josien PW Pluim. Hoy en día, muchos han contribuido a elastix.
Si utiliza este software en cualquier lugar, le agradeceríamos que citara los siguientes artículos:
Muchos fabrican componentes específicos de elastix; La cita relevante se puede encontrar aquí. Además, puede utilizar los identificadores DOI elastix de Zenodo para hacer referencia a versiones de software específicas: https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181
Puede encontrar más información, incluido un manual extenso y un zoológico modelo, en la wiki.
Hay tutoriales interactivos disponibles en los cuadernos de Jupyter.
También puede suscribirse a la lista de correo si tiene preguntas. Puede encontrar información sobre cómo contribuir a elastix aquí.
