Delgado
Version 4.3
SLiM es un marco de simulación evolutiva que combina un potente motor para simulaciones genéticas de poblaciones con la capacidad de modelar escenarios evolutivos arbitrariamente complejos. Las simulaciones se configuran a través del lenguaje de programación integrado Eidos que permite un control interactivo sobre prácticamente todos los aspectos de los escenarios simulados. El motor de simulación subyacente basado en individuos está altamente optimizado para permitir el modelado de cromosomas completos en grandes poblaciones. También proporcionamos una interfaz gráfica de usuario llamada SLiMgui en macOS, Linux y Windows para una fácil configuración de la simulación, control interactivo del tiempo de ejecución y visualización dinámica de la salida de la simulación.
Este repositorio de GitHub aloja la versión principal de desarrollo de SLiM y SLiMgui.
La versión de lanzamiento de SLiM y SLiMgui está disponible en http://messerlab.org/slim/.
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SLiM es software gratuito: puede redistribuirlo y/o modificarlo según los términos de la Licencia Pública General GNU publicada por la Free Software Foundation, ya sea la versión 3 de la Licencia o (a su elección) cualquier versión posterior.
SLiM se distribuye con la esperanza de que sea útil, pero SIN NINGUNA GARANTÍA; sin siquiera la garantía implícita de COMERCIABILIDAD o IDONEIDAD PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR. Consulte la Licencia pública general de GNU para obtener más detalles.
Debería haber recibido una copia de la Licencia Pública General GNU junto con SLiM. Si no, consulte http://www.gnu.org/licenses/.
SLiM está en desarrollo activo y nuestro objetivo es hacerlo lo más útil posible. Si tiene comentarios o solicitudes de funciones, o si está interesado en contribuir a SLiM, comuníquese con Philipp Messer en [email protected]. Tenga en cuenta que Philipp también está buscando estudiantes de posgrado y posdoctorados.
¿Busca paquetes binarios/instaladores?
Las siguientes subsecciones resumen qué métodos para adquirir SLiM (y SLiMgui) están disponibles. Construir a partir de fuentes también es una opción en todas las plataformas; consulte la siguiente sección. El capítulo 2 del manual de SLiM contiene muchos más detalles sobre la instalación y construcción de SLiM. El manual y otros recursos de SLiM se pueden encontrar en http://messerlab.org/slim/.
Descargue y haga doble clic en el instalador de macOS desde la página de inicio de SLiM en https://messerlab.org/slim/#Downloads. Instalará las herramientas de línea de comandos slim y eidos , así como SLiMgui.
Cualquier distribución basada en Arch que admita AUR debería ser compatible.
https://aur.archlinux.org/packages/slim-simulator/
No se garantiza la compatibilidad de las distribuciones derivadas con estos paquetes binarios. Habilite el repositorio para su sistema operativo; También puede intentar utilizar el paquete RPM fuente para reconstruir el paquete de su sistema y brindarle una excelente integración para cualquier distribución basada en RPM.
https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/bacarson/SLiM-Selection_on_Linked_Mutations/
Está disponible un script de shell que utiliza las funciones de dpkg . Utiliza el destino de instalación de CMake para integrar SLiMgui con el entorno de escritorio. Tiene la ventaja sobre la compilación desde el código fuente de que verificará las dependencias de compilación por usted y eliminará automáticamente los artefactos de compilación de /tmp . Obtenga el script con curl siguiendo las instrucciones del manual.
https://raw.githubusercontent.com/MesserLab/SLiM-Extras/master/installation/DebianUbuntuInstall.sh
Si tiene MSYS2 instalado, puede hacer pacman -Syu para actualizar su información (consulte el manual de SLiM para obtener más información). Luego puedes instalar SLiM y SLiMgui con:
pacman -S mingw-w64-x86_64-slim-simulator
El manual de SLiM proporciona instrucciones detalladas sobre cómo construir e instalar SLiM y SLiMgui bajo WSL2.
Puede construir tanto SLiM como SLiMgui a partir de fuentes. Esto puede resultar útil, en particular, si desea ejecutar una versión de desarrollo reciente de SLiM, en lugar de la última versión publicada. Consulte el capítulo 2 del manual SLiM para obtener más información sobre cómo construir a partir de fuentes en varias plataformas.
