Este repositorio presenta un flujo de trabajo computacional para calcular y caracterizar todos los iModulons de un organismo seleccionado. Esto ocurre en cinco pasos:
Los iModulons son un grupo de genes modulados independientemente que se calculan mediante el análisis de componentes independientes (ICA) de un conjunto de datos de expresión génica. Para obtener más información sobre iModulons o explorar los iModulons publicados, visite iModulonDB o consulte nuestras publicaciones sobre Escherichia coli , Staphylococcus aureus o Bacillus subtilis .
Aquí, presentamos el concepto de módulo de un organismo, que es el conjunto de todos los iModulons que se pueden calcular para el organismo en función de los datos de RNA-seq disponibles públicamente. El proceso computacional proporciona un flujo de trabajo paso a paso para calcular el módulo de Bacillus subtilis .
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Para comenzar, instale Docker y Nextflow.
También puede ejecutar cada programa localmente, con todos los requisitos enumerados en el archivo conda environment.yml . Para el paso 5 (iModulons caracterizados), instale adicionalmente pymodulon.
Cite el siguiente artículo: iModulonMiner y PyModulon: software para la extracción no supervisada de compendios de expresión genética
