pbbam

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A partir de la versión 3.0 de SMRTanalysis, PacBio está adoptando el formato BAM estándar de la industria para archivos de datos de llamadas base (tanto alineados como no alineados). También hemos formulado un formato de archivo complementario BAM (bam.pbi) que permite un acceso rápido a un conjunto más rico de información por lectura, así como compatibilidad para el software creado en torno al formato heredado cmp.h5.

El paquete de software pbbam proporciona componentes para crear, consultar y editar archivos PacBio BAM e índices asociados. Estos componentes incluyen una biblioteca central de C++, enlaces para lenguajes adicionales y utilidades de línea de comandos.

Disponibilidad

El último pbbam se puede instalar mediante el paquete bioconda pbbam .

Consulte nuestra página oficial de pbbioconda para obtener información sobre instalación, soporte, licencia, derechos de autor y exención de responsabilidad.

Nota:

Esta biblioteca no está diseñada para usarse como una utilidad BAM de uso general; todos los BAM de entrada y salida deben cumplir con la especificación de formato BAM de PacBio. Los BAM que no son de PacBio provocarán que se generen excepciones.

Documentación

• Documentación Inicio

  • Empezando
  • Referencia de la API de C++

• Registro de cambios

Preguntas frecuentes

¡Ayuda! ¡Estoy obteniendo una "combinación química de secuenciación no compatible"!

pbbam valida todos los archivos BAM y, como parte de esta validación, verifica si se conocen las variables BindingKit y SequencingKit en cada ReadGroup del archivo BAM proporcionado. Como parte de los desarrollos químicos en curso, es posible que necesitemos introducir nuevos números de pieza para identificar nuevos reactivos y/o células SMRT. Es poco probable que encuentre estos problemas al utilizar SMRT Link, ya que tiene un actualizador automático integrado que verificará e instalará periódicamente nuevas químicas automáticamente. Todas las herramientas PacBio que se utilicen sin una instalación adecuada de SMRT Link requerirán intervención manual para descargar nuevas químicas:

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

Esto hará que pbbam intente cargar el chemistry.xml fuera de banda desde SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR y debería permitirle utilizar software algo antiguo con BAM algo más nuevos. Nota: esto solo permite que pase la validación interna de pbbam , esto no hará que otro software dependiente de química funcione automáticamente con químicas más nuevas. Por ejemplo, el backend de Arrow (Unanimidad) también está parametrizado en química, y fallará si se introduce una química completamente nueva. Consulte las preguntas frecuentes de Unanimity sobre cómo emplear SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR para cargar modelos para nuevas químicas.

Licencia

• Licencia de código abierto PacBio

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