celular2tcr

Cell2TCR es una herramienta para la inferencia de motivos del receptor de células T (TCR). Un motivo TCR describe un grupo de TCR con suficiente similitud de secuencia para probablemente reconocer un epítopo común.

Empezando

Vea el ejemplo de uso en cell2tcr.ipynb.

Instalación

1. Crear un nuevo entorno de conda

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Instale Cell2TCR desde Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Opcional: agregue el kernel para usarlo en notebooks Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

El desafío humano SARS-CoV-2 descubre la dinámica de respuesta local y sistémica

Publicado en Naturaleza 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling, Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith , Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer, Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† y Sarah A. Teichmann†