VAA

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Última actualización: 03/05/2024

Descargo de responsabilidad

ESTE REPOSITORIO ESTÁ OBSOLETO Y YA NO SE MANTENDRÁ

Este era un repositorio personal para analizar datos de secuenciación de AAV de lectura larga de PacBio. El código fuente abierto ahora se mantiene y desarrolla en el repositorio LAAVA de FormBio. ¡Visite LAAVA para obtener el código base más reciente! ¡Gracias!

Requisitos previos

• Pitón 3.7
• R

Se requieren bibliotecas de Python:

• pijama

Paquetes R necesarios:

• ggplot2
• dplyr
• red
• cuadrículaExtra

Instalación

Puede descargar/clonar directamente el repositorio para usar los scripts directamente.

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

Puede instalar las dependencias usted mismo o utilizar una de las siguientes opciones basadas en Conda.

Opción 1: usar Conda e instalar los requisitos previos individualmente

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

Opción 2: usar Conda con yml

Supongamos que tiene anaconda instalada y el binario está en $HOME/anaCogentPy37/bin . Agregaría el binario a $PATH y crearía un nuevo entorno conda llamado AAV.env .

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

En este punto, el mensaje debería cambiar a (AAV.env) $

Uso

Por favor lea el tutorial de AAV