RAILIN

RAILIN (Asignación de Resonancia por Programación Lineal Entera)

Introducción

RAILIN es un conjunto de herramientas de Python para la asignación automatizada de cadenas laterales de aminoácidos a partir de frecuencias de resonancia magnética nuclear. Este problema puede formularse como un problema de asignación lineal y resolverse mediante técnicas de optimización restringida. RAILIN utiliza un enfoque de clasificación MAP (máximo a posteriori) para estimar la probabilidad de que las frecuencias de resonancia de cada sistema de espín correspondan a uno de los 21 aminoácidos. El conocimiento previo lo proporciona la estructura primaria de la proteína. Esta secuencia de aminoácidos se utiliza para formular un problema de asignación lineal restringida, que a su vez se resuelve mediante programación lineal entera. Un problema de programación entera es un programa de optimización o viabilidad matemática en el que algunas o todas las variables están restringidas a ser números enteros. En muchos entornos, el término se refiere a la programación lineal entera (ILP), en la que la función objetivo y las restricciones (distintas de las restricciones enteras) son lineales.

Uso

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

Instalación

Instalación estándar

Dependencias

RAILIN depende de los siguientes paquetes:

• numpy - requerido (numpy.scipy.org)
• scipy - requerido (scipy.org)
• matplotlib - requerido (matplotlib.org)
• networkx - requerido (networkx.github.io/)
• IBM ILOG CPLEX Optimizer - requerido (cplex-optimizer)

Para comprobar si alguno de los paquetes anteriores ya está instalado en su sistema, intente:

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError significa que el paquete no está instalado.

Instalar dependencias en sistemas tipo Unix.

1. Utilice su administrador de paquetes para instalar los paquetes de Python necesarios; por ejemplo en Debian/Ubuntu:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx

2. Descargue e instale IBM ILOG CPLEX Optimizer:

Para fines de prueba, puede encontrar una versión de prueba aquí. Para obtener una funcionalidad completa, debe registrarse en ibm.com y obtener una copia con licencia.