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tower cli

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dos CLI

tw es Seqera Platform en la línea de comando. Trae conceptos de Seqera como canalizaciones, acciones y entornos informáticos a la terminal.

Seqera Platform es una aplicación completa para la gestión de canalizaciones de datos y recursos informáticos. Permite el análisis de datos colaborativo a escala, localmente o en cualquier nube.

La CLI interactúa con Seqera para proporcionar una interfaz para iniciar canalizaciones, administrar recursos de la nube y administrar su análisis.

dos

Las características clave son:

Una experiencia similar a Nextflow : tw CLI proporciona un entorno amigable para los desarrolladores. Las canalizaciones se pueden iniciar con la CLI de manera similar a Nextflow, pero con los beneficios de Seqera de monitoreo, registro, aprovisionamiento de recursos, gestión de conjuntos de datos e intercambio colaborativo.
Infraestructura como código : todos los recursos de Seqera, incluidos los canales y los entornos informáticos, se pueden describir de forma declarativa. Esto permite una definición completa de un entorno de análisis que se puede versionar y tratar como código. Simplifica enormemente el uso compartido de la configuración y la administración de rutinas.
Construido sobre OpenAPI : tw CLI interactúa con Seqera a través de la API de la plataforma Seqera que utiliza la especificación OpenAPI 3.0. La CLI proporciona control total de la aplicación Seqera, lo que permite a los usuarios obtener la máxima información sobre los envíos de canalizaciones y los entornos de ejecución.

Consulte la documentación de la plataforma Seqera para obtener más información sobre la aplicación.

Disponibilidad

tw CLI se puede instalar en macOS, Windows y Linux.

Es compatible con Seqera Cloud y Enterprise versiones 21.08 y posteriores.

Empezando

Esta guía cubre la instalación y configuración de la CLI, el aprovisionamiento de infraestructura en la nube y el lanzamiento de canalizaciones en un entorno informático de AWS Batch.

1. Instalación

Descargue la última versión para su sistema operativo desde los recursos en la página de lanzamientos.
Cambie el nombre y haga que el archivo sea ejecutable:
```
mv tw- * tw
chmod +x ./tw
```
Mueva el archivo a un directorio accesible para su variable $PATH :
```
sudo mv tw /usr/local/bin/
```

2. Configuración

Necesita un token de acceso para que la CLI interactúe con su instancia de Seqera. Seleccione Tokens de usuario en el menú de usuario en la interfaz de usuario de Seqera, luego seleccione Agregar token para crear un token nuevo.

Copie el valor del token de acceso y utilícelo con la CLI de una de dos maneras:

Variable de entorno :
1. Exporte el token como una variable de shell directamente a su terminal:
```
 export TOWER_ACCESS_TOKEN= < your access token >
```
2. Agregue el comando export a su archivo .bashrc , .zshrc o .bash_profile para que se agregue permanentemente a su entorno.
bandera de comando tw :
Proporcione el token de acceso directamente en su comando tw con --access-token :
```
tw --access-token= < your access token > < other options >
```

Si es necesario, configure las siguientes variables de entorno no obligatorias utilizando los mismos métodos anteriores:

TOWER_WORKSPACE_ID : ID del espacio de trabajo. Valor predeterminado: el espacio de trabajo del usuario.
TOWER_API_ENDPOINT : URL de la API de Seqera. Valor predeterminado: api.cloud.seqera.io .

Puede encontrar su TOWER_WORKSPACE_ID en la pestaña Espacios de trabajo en la página de su organización. Alternativamente, puede enumerar todos los espacios de trabajo a los que puede acceder su token con tw workspaces list y copiar el ID del espacio de trabajo de la salida del comando.

3. Control de salud

Confirme la instalación, configuración y conexión:

$ tw info

    System health status
    ---------------------------------------+------------------
     Remote API server connection check    | OK
     Tower API version check               | OK
     Authentication API credential's token | OK

`tw` comandos CLI

Consulte Uso para obtener instrucciones detalladas sobre cómo utilizar la CLI.

Autocompletar

Active el autocompletado en su sesión actual con este comando:

 source <( tw generate-completion )

Almacén de autoridad de certificación SSL personalizado

Si está utilizando un certificado SSL de CA privada no reconocido por las autoridades de certificación de Java predeterminadas, utilice un almacén cacerts personalizado:

tw -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts info

Puede cambiar el nombre del binario a tw-binary y crear un script tw para incluir automáticamente el almacén cacerts personalizado en cada sesión:

 #! /usr/bin/env bash
tw-binary -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts $@

Construir versiones binarias de desarrollo

tw CLI es un ejecutable binario de plataforma creado por una compilación nativa de Java GraalVM. Para compilar y construir una versión de desarrollo del binario:

Si es necesario, instale SDKMan.
Desde la raíz del proyecto tower-cli, instale GraalVM:
```
sdk env install
```
Esto garantiza que SDKMan utilice la configuración .sdkmanrc específica del proyecto tower-cli.
Instalar native-image :
```
gu install native-image
```
Exporta tus credenciales de Github. Github requiere autenticación para paquetes públicos (el token solo requiere el alcance read:packages ):
```
 export GITHUB_USERNAME=...
export GITHUB_TOKEN=...
```

Cree el cliente nativo:

./gradlew nativeCompile

Esto instalará una versión compilada localmente de tw en el directorio nativoCompile:

 Produced artifacts:
 <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile/tw (executable)
========================================================================================================================
Finished generating 'tw' in 1m 6s.
[native-image-plugin] Native Image written to: <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile

BUILD SUCCESSFUL in 1m 8s
6 actionable tasks: 2 executed, 4 up-to-date