partis

partido

Partis es un marco basado en HMM para la anotación de secuencias de receptores de células B y T, simulación, inferencia de familias clonales y líneas germinales, y predicción de afinidad. Está construido sobre el compilador ham HMM y el conjunto ig-sw de herramientas de anotación Smith-Waterman. Partis es software libre bajo la GPL v3.

Los diversos componentes se describen en los siguientes artículos. Dado que hacen cosas bastante diferentes, es mejor si puedes citar los artículos específicos que describen los componentes que estás utilizando.

• Agrupación emparejada Ralph, DK y Matsen IV, FA (2022). Inferencia de familias clonales de células B utilizando información de emparejamiento de cadenas pesadas/ligeras. Biología Computacional PLoS, 18(11), e1010723.
• Métricas de selección Ralph, DK y Matsen IV, FA (2020). Uso de estructuras de linaje de receptores de células B para predecir la afinidad. Biología Computacional PLoS, 16(11), e1008391.
• Inferencia de la línea germinal Ralph, DK y Matsen IV, FA (2019). Inferencia de la línea germinal de inmunoglobulinas por muestra [...]. Biología Computacional PLoS, 15(7), e1007133.
• Inferencia de familia clonal Ralph, DK y Matsen IV, FA (2016). Inferencia basada en la probabilidad de familias clonales de células B. Biología Computacional PLoS, 12 (10), e1005086.
• Marco HMM y anotación BCR Ralph, DK y Matsen IV, FA (2016). La coherencia de [...] permite la anotación precisa de la secuencia del receptor de células B. Biología Computacional PLoS, 12(1), e1004409.

El mejor lugar para comenzar a leer el manual es el inicio rápido o el índice. Los detalles sobre las muchas opciones no documentadas allí se pueden encontrar ejecutando la ayuda de cada subcomando, por ejemplo partis cache-parameters --help o partis simulate --help .

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