STRS

Secuenciación espacial de ARN total: STRS

Conjunto de flujos de trabajo moleculares y computacionales para secuenciación espacial total de ARN (STRS)

¡Este repositorio tiene todos los protocolos, canalizaciones y scripts que necesitará para ejecutar y analizar STRS en casi cualquier muestra!

Consulte txg_snake , un canal de trabajo en progreso para bibliotecas 10x, ¡especialmente conjuntos de datos STRS!

Enlaces de manuscritos:

• McKellar et al, Biotecnología de la naturaleza , 2022

• enlace de preimpresión de bioRxiv

Descripciones de subdirectorios:

• manuscripts : archivos .pdf de la preimpresión y el manuscrito posterior (¡con suerte!)

• protocols : Documentos en Microsoft Word y .pdf de los protocolos utilizados aquí.

• pipelines : flujos de trabajo de Snakemake utilizados en nuestro estudio. Estos incluyen canales de alineación para datos STRS (kallisto, STARsolo y miRge3.0), datos pequeños de RNAseq (STAR ​​y miRge3.0), SmartSeqTotal (kallisto) y VASAdrop (kallisto).

• scripts : ¡Todo el resto del código que usamos! Contiene principalmente scripts R y funciones de utilidad utilizadas en nuestros análisis espaciales.

• references : información y guiones sobre genomas de referencia y anotaciones utilizadas en este estudio

• resources : metadatos variados, listas de genes y otra información que utilizamos para analizar nuestros datos. Consulte los archivos README en cada subdirectorio para obtener más detalles.

Datos generados para este artículo:

• Conjuntos de datos STRS: GSE200481

• Datos de SkM/corazón pequeños RNAseq: GSE200480

• datos de RNAseq total de un solo núcleo (línea celular C2C12): GSE209780

Datos adicionales analizados:

• Datos del Atlas de ARN pequeño (Isakova et al, PNAS , 2020): GSE119661

• Datos de SmartSeqTotal (Isakova et al, PNAS , 2021): GSE151334

• Datos de VASAdrop (Salmen et al, Nature Biotechnology , 2022): GSE176588

Contacto:

• Iwijn De Vlaminck ([email protected])

• Benjamín D. Cosgrove ([email protected])

• David W. McKellar ([email protected])